全球侵袭性沙门菌中WHO重点抗生素耐药性的出现及时空格局

2026年8月18日，河南农业大学动物医学院/国家动物免疫学国际联合研究中心王亚楠教授课题组联合上海市疾病预防控制中心许学斌教授、中国科学院微生物研究所高福院士等多家单位，在《Nature Communications》发表了题为“Global genomic surveillance uncovers emergence and spatiotemporal patterns of World Health Organization priority antibiotic resistance in invasive Salmonella”的研究论文。该研究通过对来自全球77个国家的7691株侵袭性沙门菌全基因组进行研究，揭示了70年来世界卫生组织（WHO）优先关注的临床关键抗生素耐药性的时空演变规律，为全球临床治疗指南制定和抗微生物药物耐药性（AMR）防控政策提供了坚实的循证依据。

侵袭性沙门菌感染——不容忽视的全球公共卫生威胁

沙门菌是全球腹泻感染的首要病原体之一，更是侵袭性感染（通常表现为血流感染）的关键致病菌。更令人担忧的是，AMR正在迅速削弱我们的治疗武器库，已成为21世纪全球公共卫生领域最严峻的挑战之一。2024年，WHO将氟喹诺酮耐药沙门菌列入细菌优先病原体清单（WHO BPPL）。2021年全球估计有471万例死亡与AMR感染相关，其中114万例直接归因于细菌AMR。面对这一严峻形势，高质量的基因组监测已成为指导临床决策和公共卫生政策的关键工具。

全球大规模数据集：跨越70年、77个国家、7691株菌株

研究团队整合了两部分数据：一是来自中国本地被动监测数据库中1994至2023年间910株侵袭性沙门菌的全基因组数据；二是从公共数据库下载的全球公开基因组，经过严格质控后筛选出6781株人类侵袭性菌株。最终数据集包含7691株侵袭性沙门菌分离株，覆盖1953至2024年间的77个国家、6大洲。其中41.45%的菌株分离自亚洲，25.98%来自北美洲，14.37%来自大洋洲，10.83%来自非洲。值得注意的是，77.37%的菌株来源于血流感染，14.06%来自尿路感染。这些菌株涵盖148种血清型和315种序列型（ST），其中最为优势的血清型为伤寒沙门菌（占39.18%），其次是肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌。

优势克隆群的更替与高耐药风险谱系

研究揭示了全球侵袭性沙门菌优势克隆群的显著演变。伤寒沙门菌、猪霍乱沙门菌和婴儿沙门菌的流行呈下降趋势，而甲型副伤寒沙门菌及多种非伤寒沙门菌血清型（如鼠伤寒沙门菌单相变种、维尔肖沙门菌、圣保罗沙门菌和慕尼黑沙门菌）呈上升趋势。

全球范围内临床关键抗生素耐药率触目惊心

研究结果显示：

环丙沙星 ：7.39%的菌株对环丙沙星耐药或敏感性降低，涉及29个国家（占37.7%）。亚洲耐药率最高（11.79%），其中中国为8.86%。

第三代头孢菌素（3GCs） ：7.91%的菌株对3GCs耐药或敏感性降低。共检测到16种blaCTX-M变体，其中最优势的是blaCTX-M-15（3.48%），其次是blaCTX-M-55（0.88%）和blaCTX-M-65（0.82%）。南美洲耐药率最高（17.12%），其次为欧洲（14.73%）和亚洲（11.14%）。

第四代头孢菌素（4GCs） ：7.27%的菌株对头孢吡肟耐药。

磷霉素：4.23%的菌株对磷霉素耐药。欧洲耐药率最高（17.83%），加拿大高达11.24%。

阿奇霉素（大环内酯类） ：0.79%的菌株对阿奇霉素耐药。尽管绝对比例不高，但呈显著上升趋势。欧洲（1.55%）和亚洲（1.44%）耐药率较高。

多黏菌素（黏菌素） ：0.26%的菌株对黏菌素耐药。

碳青霉烯类：0.10%的菌株对美罗培南和亚胺培南耐药。

多重耐药（MDR） ：全球MDR率为30.98%，欧洲（65.89%）和非洲（58.46%）远超全球平均水平。

时空演变——耐药性在70年间急剧攀升

研究将菌株按时间分为6个时期进行分析，揭示了令人警醒的趋势：

环丙沙星非敏感性从0.21%飙升至2020–2024年的18.42%。伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、婴儿沙门菌和猪霍乱沙门菌是这一上升趋势的主要贡献者。

第三代头孢菌素耐药率从0.21%攀升至17.01%，第四代头孢菌素耐药率从2.87%升至16.85%。主要贡献者为伤寒沙门菌（ST1和ST2）、肠炎沙门菌ST11、都柏林沙门菌ST10、肯塔基沙门菌ST198和鼠伤寒沙门菌ST313。

blaCTX-M阳性菌株的比例从1953–1999年的0.21%激增至2020–2024年的16.46%。blaCTX-M-15、blaCTX-M-55和blaCTX-M-14在全球范围内均呈上升趋势，尤其在北美、亚洲和非洲。

阿奇霉素耐药基因mph(A) 的携带率从2010–2014年的0.55%上升至2020–2024年的2.28%，尤其在北美、南美和亚洲增长明显。

研究意义与公共卫生启示

第一，填补了全球侵袭性沙门菌基因组监测的重要空白。 该研究开展了一项侵袭性沙门菌的纵向基因组流行病学分析，共纳入7691株菌株，时间跨度为70年，涵盖148个血清型，样本来源涉及77个国家。其数据规模、时间覆盖范围及地理广度在同类研究中较为可观。

第二，揭示了全球及区域耐药性演变的差异化特征。非洲和南美洲的监测水平仍然不足，亟需加强。欧洲MDR率（65.89%）和非洲MDR率（58.46%）远超全球平均水平（30.98%）。南美洲3GCs耐药率最高（17.12%），亚洲环丙沙星耐药率最高（11.79%），欧洲磷霉素耐药率最高（17.83%）。监测盲区的存在意味着大量耐药菌株可能未被发现、未被报告，全球耐药性地图可能只是冰山一角。

第三，为临床治疗指南和AMR防控政策提供了循证依据。 WHO已将氟喹诺酮耐药沙门菌列入2024年细菌优先病原体清单。本研究的发现为优化侵袭性沙门菌感染的治疗方案、加强重点地区和重点克隆群的监测、以及遏制高风险MDR和广泛耐药（XDR）克隆的传播提供了关键数据支撑。

第四，强调了全球数据共享与合作的重要性。研究作者团队已建立了开源共享的沙门菌基因组数据库（https://nmdc.cn/clsgdbv2/），欢迎全球科研工作者开展合作。

综上所述，这项回顾性、全球性、纵向基因组流行病学研究，为临床指南制定、基因组监测体系建设、AMR控制和公共卫生政策制定提供了基于证据的关键数据。这项跨越70年、覆盖77个国家、分析7691株菌株的全球基因组监测研究告诉我们：侵袭性沙门菌对WHO优先关注的临床关键抗生素的耐药性正在全球范围内上升，环丙沙星、第三代和第四代头孢菌素、阿奇霉素等优先药物正在被逐一突破。耐药基因通过质粒和插入序列等移动遗传元件在不同菌株、不同地区之间快速扩散，使这一威胁超越了国界和物种的界限。及时、高质量的全球基因组监测与数据共享，是制定有效AMR防控策略、遏制高风险耐药克隆传播的关键。

论文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-026-76354-1。