核心提示:当我们在挖掘新型细菌素时,如何使用生物信息的方法来预测抗菌肽。可以使用不同的抗菌肽数据库比对,查证预测出来的抗菌肽是否为新的抗菌肽。
当我们在挖掘新型细菌素时,如何使用生物信息的方法来预测抗菌肽。可以使用不同的抗菌肽数据库比对,查证预测出来的抗菌肽是否为新的抗菌肽。
1、 方式一:DBAASP(http://dbaasp.org/search.xhtml?search_type=1)点击链接http://dbaasp.org/search.xhtml?search_type=1,进入比对程序界面,输入氨基酸序列。
2、 方式二:APD3( http://aps.unmc.edu/AP/database/query_input.php)点击网站链接http://aps.unmc.edu/AP/database/query_input.php,进入数据库搜索界面。
3、 方式三:CAMPR3(http://www.camp.bicnirrh.res.in/ncbiBlast/)点击网站链接http://www.camp.bicnirrh.res.in/ncbiBlast/,进入CAMPR3数据库比对界面。
4、 方式四:YADAM(http://www.yadamp.unisa.it/searchdatabase.aspx)点击网站链接http://www.yadamp.unisa.it/searchdatabase.aspx,进入YADAM数据库搜索界面。
5、 方式五:可以通过网站ExPasy(http://web.expasy.org/protparam/)对抗菌肽的一些生物学信息进行分析,比如:氨基酸数量,分子量,正负氨基酸的数量和种类,等电点,消光系数、稳定性、总平均亲水性等。