奥密克戎“变种汤”难预测,免疫逃逸令人担忧

2023-01-10 00:00:00
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核心提示:由严重急性呼吸综合征2型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的2019年冠状病毒病(COVID-19)大流行,由于奥密克戎(Omicron)变种及其后代亚变种的出现,继续肆虐。

  由严重急性呼吸综合征2型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的2019年冠状病毒病(COVID-19)大流行,由于奥密克戎(Omicron)变种及其后代亚变种的出现,继续肆虐。尽管BA.5子变种目前在全球占主导地位(图1A),但一系列不同的欧米克隆子变种已经出现,并在所谓的变种汤中竞争。很明显,四种新的亚变种正在迅速占领BA.5的地盘。

  BQ.1和BQ.1.1于7月初在尼日利亚首次被发现,随后在欧洲和北美急剧扩散,目前分别占法国、英国和美国病例的67%、35%和47%(图1A)。XBB和XBB.1于8月中旬在印度首次被发现,并迅速在印度、新加坡和亚洲其他地区成为主流(图1A)。BQ.1和BQ.1.1由BA.5进化而来,而XBB和XBB.1是由两个BA.2谱系BJ.1和BA.2.75重组而来(图1B)。这两个亚系不断进化和多样化,穗突变的复杂性不断增加。然而,主要BQ.1亚变体的刺突蛋白除了BA.5中发现的突变外,还含有K444T和N460K突变,BQ.1.1还有一个额外的R346T突变(图1C和S1)。引人注目的是,除了BA.2中发现的突变外,主要XBB亚变体的突变峰有14个突变,包括5个在n端结构域(NTD)和9个在受体结合结构域(RBD),而XBB.1有一个额外的G252V突变(图1C和S1)。这些亚变异的迅速增加及其广泛的spike突变阵列让人想起了去年出现的第一个Omicron变体,因此令人担忧它们可能会进一步损害当前COVID-19疫苗和单克隆抗体(mAb)疗法的疗效。


  图1。SARS-CoV-2 Omicron BQ.1、BQ.1.1、XBB和XBB.1亚变种的增加(A)来自全球共享所有流感数据的Omicron亚变种的频率。 (B) Omicron亚变体与其他主要SARS-CoV-2变体的系统发育树。 (C) BA.2背景下的XBB和XBB.1和BA.4/5背景下的BQ.1和BQ.1.1中发现关键spike突变。

  数据表明,这些新的亚变异几乎不容易被既往感染或未感染的接种者的血清中和,包括最近接种了新的二价(WA1/BA.5) mRNA疫苗的人(图2)。令人担忧的是,这些新出现的亚变异可能进一步损害当前COVID-19疫苗的效力,并导致突破性感染和再感染的激增。然而,必须强调的是,尽管现在感染的可能性更大,但COVID-19疫苗已被证明在预防住院和重症方面仍然有效。


  图2 Omicron亚变异体BQ.1、BQ.1.1、XBB和XBB.1的血清中和情况

  Omicron家族的增加似乎是由于少数共同的基因突变,其中大多数导致病毒刺突蛋白的一部分氨基酸变化。这部分蛋白质是感染细胞所必需的,也是产生强大免疫反应的抗体的目标。曹教授团队本月的研究表明,RBD突变有助于病毒逃避由COVID-19疫苗和早期Omicron分支(包括BA.2和BA.5)感染引发的感染阻断中和抗体。


  图3 Omicron亚变异体BQ.1、BQ.1.1、XBB和XBB.1的血清中和情况。各种SARS-CoV-2子系的成功是由于病毒刺突蛋白中的RBD发生了少数关键变化。一个变体的这种突变越多,它似乎生长得就越快。

  一个变体拥有的这些RBD变化越多,它似乎增长得越快,这是通过向全球数据库报告的序列数量来衡量的(见级别警报)。例如,具有5个关键RBD变化的变体,如BQ.1(相对于BA.2),其数量增长速度似乎比具有6个变化的变体要慢。BQ.1的后代BQ.1.1有6个这样的变化,并在欧洲、北美和其他地方迅速崛起。


  图4 欧米克隆的分支正在全球蔓延,但一些地理格局已经开始出现。

  参考文献

  Callaway E. COVID ‘variant soup’is making winter surges hard to predict[J]. Nature, 2022, 611(7935): 213-214.

  Wang Q, Iketani S, Li Z, et al. Alarming antibody evasion properties of rising SARS-CoV-2 BQ and XBB subvariants[J]. Cell, 2022.

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