本研究以MRSA克隆复合物(CCS)为主轴，通过全基因组测序延伸分析MRSA的基因背景，纵深挖掘其遗传进化的更替关联。最终确定了中国优势谱系及其相关的基因组和表型特征，强调了在中国监测MRSA的必要性。

  MRSA从发现至今感染几乎遍及全球，已成为院内和社区感染的重要病原菌之一。

  同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究对中国MRSA的分子流行病学和表型特征进行充分挖掘和探讨，为MRSA流行情况提供了重要线索。该研究发表在《Emerging Microbes & Infections》，2022年影响因子为19.568。

  研究策略：

  1、全基因组测序及数据分析

  从不同年限和医院分离获取的565株MRSA并对其进行全基因组测序后分析MLST分型、spa分型、SCCmec分型、耐药基因和毒力因素等。该研究从克隆分型切入但对细分关联进行了纵向深挖，拔高了文章的可读可研性。

  2、表型验证

  通过评估MIC水平来检测MRSA对抗菌药物敏感性，验证基因型和表型的关联性。

  研究结果：

  该研究观察到MRSA克隆复合物谱系主要为：CC59，CC5和CC8。其中CC59和CC8主要是来源血液或渗出液样本而CC5主要来源于痰样本，突出强调不同克隆复合物的耐药表型的差异。

  图1. 不同克隆复合物耐药基因型和表型的情况

  通过地域分析，发现不同区域流行的MRSA存在的差异。此外，随着时间的推移，发现2014-2015年的主要谱系为CC8，但在2016年后被CC59所取代。CC398主要来源于家畜，最早在欧洲，北美等地方流行，而本研究显示该型别在2014至今在中国一直处于上升趋势。此外，研究观察到CC5群体发展不稳定，其中ST5-t311-II、ST764-t1084-II、ST5-t2460-II和ST764-t002- II存在复杂的竞争。

  图2. MRSA分离株中发现的主要CCs

  进一步与NCBI基因数据库比较发现，中国，欧洲和北美地区的ST59，ST5和ST239分别属于不同的进化分支。其中ST5，在全球大流行中有最多的克隆分支。在进一步的分析表明，毒力决定基因谱和抗生素谱与克隆系密切相关。特别是CC59 MRSA对大多数被测试的抗菌素的耐药性较低，且携带的耐药性决定因子较少，而利福平耐药和莫匹罗辛耐药分别与CC8和CC5关联性更强。该研究特别提出PVL编码基因在ST338、CC30、CC398、ST8和CC22中更为常见;此外tsst-1与ST5相关。

  图3. 不同克隆复合物核心基因组系统发育

  全文简单的图表清晰的表达了研究结果，通过深挖CCs和表型相关联的基因为MRSA后续风险预测提供参考。

  文献来源：https://doi.org/10.1080/22221751.2022.2032373