目前已经有许多技术用来分离纯化蛋白质，为天然蛋白的开发与利用提供基础。这些分离纯化技术主要是根据不同蛋白质具有的不同的性质来进行筛选。

  蛋白的粗提常用的提取方法有水浸提法、酸碱提取法、盐溶液浸提法、酶解提取法和乙醇浸提法，而有些时候也采用混合的提取方式，以获得更高的提取效率，而根据不同物料的性质，其提取方式也有所改变。不同的提取方法，影响提取率高低的因素不同。

  在进行蛋白的粗提之后，进入蛋白的精细纯化，精细纯化的方法主要包括小分子除杂，柱层析法，其中柱层析法包括阴离子交换柱层析，凝胶柱层析和亲和柱层析。在蛋白分离纯化过程中，常常将这几种方法混合使用，提高纯化效率。

  其中阴离子交换柱层析主要是根据生物大分子所带电荷不同，根据与离子交换剂的结合能力来达到分离效果。而凝胶柱层析主要是根据蛋白分子质量的差异性而达到分离效果。

  不同的蛋白分离纯化都需要使用不同的方法，所以在实际的蛋白分离纯化中要根据特定的蛋白进行特定的分析。