肠道真菌是人类肠道微生物群的一个小但重要的组成部分。肠道真菌调节宿主稳态、病理生理和生理过程，以及共存肠道细菌微生物组的组装。在过去的十年中，越来越多的研究已经对肠道微生物在健康和几种病理状况中的特征进行了表征。健康人群从出生到成年期间肠道微生物的组成和功能都具有多样性。肠道真菌——尤其是念珠菌和酵母菌——在疾病和治疗中它们与肠道细菌微生物组和宿主免疫具有相互的协同作用。

  肠道真菌在临床意义中被低估的影响，有研究强调了未来基于微生物组的疗法，这些疗法利用肠道真菌组、细菌微生物组和宿主免疫之间的三方关系，旨在恢复核心肠道真菌组和微生物组并改善临床疗效。除了细菌和病毒，人体胃肠道还栖息着大量真菌(占肠道微生物总数的0.1%)，它们在人体肠道稳态和疾病发病机制中起着至关重要的作用。从过去十年的研究和微生物培养来看，人类肠道中越来越多地发现了多种多样的真菌，包括对人类健康至关重要或与疾病发作或进展相关的关键真菌物种。肠道微生物的生态失调(即微生物群落组成失衡，包括共生体的丧失、致病菌或机会菌的生长，以及微生物间竞争和微生物多样性的紊乱)与许多疾病有关，包括自身免疫，新陈代谢、神经系统疾病以及癌症。机会性真菌病原体在肠道中的定植和生长可诱导失调的宿主免疫反应，从而影响疾病进程。此外，肠道真菌——尤其是念珠菌属——通过细胞接触、对可用营养素的竞争或协作、次级代谢产物和抗菌肽的产生，以及肠道生态位的生理化学变化。总的来说，这些机制在肠道真菌、细菌和宿主免疫之间相互作用，是人类免疫稳态的基础，所有这些都有助于健康和疾病。

  多项研究提供了对人类肠道微生物组成景观的洞察，并为探索肠道真菌如何与不同疾病相关甚至导致不同疾病以及如何操纵肠道真菌治疗疾病奠定了基础。现在是时候探索和揭示肠道真菌的功能，以及它与肠道细菌微生物组的跨界相互作用，用于疾病发病机制和治疗。重要的是，在基于微生物群的治疗学发展的背景下，肠道真菌在很大程度上是不容被忽视的，希望将来在临床实践中充分利用现有的肠道真菌。