噬菌体能够诱导机体产生中和抗体，促进其被摄取和清除。在动物模型中对一些噬菌体刺激抗体产生机制的研究表明，对循环中的噬菌体产生体液反应时，脾脏是必需的，且吞噬细胞在APCs对噬菌体抗原的摄取、加工和呈递中起核心作用。通过MHC-I和 MHC-II途径呈递目标肽，从而产生针对相关病毒或肿瘤抗原的B细胞和T细胞应答。抗噬菌体抗体主要是 IgM同种型，此外也会诱导IgG和IgA应答。在异源噬菌体治疗案例的研究中，与口服噬菌体相比，感染部位的局部噬菌体给药能引发更强烈的抗体反应，但尚未在对照试验中进行验证。

  抗噬菌体抗体可以检查噬菌体对我们微生物组的生物活性。反复摄入T4噬菌体会产生抗噬菌体IgAs，并限制其生物活性。抗噬菌体适应性免疫同样被怀疑会对静脉注射噬菌体治疗的结果产生不利影响。尽管对人类抗噬菌体抗体的研究有限，但一项研究表明，许多个体已经存在针对噬菌体治疗中常用噬菌体的中和抗体。这可能反映了一个事实，即许多慢性感染是由机会性病原体引起的，在某些情况下，这些病原体是我们共生菌群的一部分，从而为接触这些微生物的噬菌体提供了机会，且在噬菌体治疗过程中，患者也会产生中和抗体。

  然而，抗噬菌体抗体对噬菌体治疗成功的影响尚不清楚。在一份关于122名患者接受多种噬菌体治疗各种感染的报告中，患者产生强大的体液免疫与噬菌体治疗结果之间没有明确的相关性。由于缺乏使用标准化噬菌体产品、给药方式和治疗时间的对照试验，因此难以系统地监测患者体内抗噬菌体抗体的发展及其对治疗结果的影响。此外，经过改造后衣壳结构改变的噬菌体可能比未经修饰的亲本噬菌体更具免疫原性，并且可以更快地从循环中被清除。

  抗噬菌体抗体和补体都有助于清除外周循环中的噬菌体。Sokoloff等人将展示随机肽的T7噬菌体文库注射到大鼠体内。他们观察到，大鼠血清中的IgM和IgG缺失分别使噬菌体存活时间延长62%和16%。Dabrowska等人描述了补体在血清抗体灭活噬菌体中的关键作用。以上这些发现表明抗体结合和补体固定促进了调理作用和从循环中清除噬菌体。

  然而关于对噬菌体的抗体反应还有很多未知的地方。例如，目前尚不清楚针对体内更广泛的噬菌体库的体液免疫在多大程度上存在，这些抗体在调节噬菌体活性中发挥的作用，是否影响噬菌体转胞吞作用，能否促进对噬菌体靶向的共生菌或致病菌的调理作用。更好地理解这些对于噬菌体疗法和噬菌体展示疫苗的进一步开发至关重要。