微生物、人体与外界环境之间在正常条件下处于相对平衡，有许多因素可导致某些微生物过量繁殖，使生态系统平衡状态遭破坏，即生态失调。生态失调主要表现为菌群失调，即正常微生物菌群在种类和数量上已偏离了正常的生理组合，从而对宿主产生不良影响的一种表现。菌群失调可分三种类型：

  1、可逆性失调

  是指在外环境因素，宿主患病或采取医疗措施所造成的暂时性正常微生物菌群的种类和数量的失调，当失调的因素去除以后便自然恢复正常。最常见的情况就是采用广谱性抗生素导致菌群失调，停药后一周内恢复正常。

  2、比例失调

  是指一种相持状态，多表现为慢性过程，许多慢性感染或炎症都属于比例失调。比例失调的微生物状态是正常微生物菌群的种类和数量的比例偏离了正常范围，并且是不可逆的，在失调原因去掉后，仍持续不变。

  3、菌交替症

  是指正常微生物菌群在抗菌药物或其他因素影响下，其部分或大部分成员消失，代之暂居菌或外袭菌优势繁殖所形成的临床表现。如在长期应用广谱抗生素过程中形成的二重感染。

  二重感染常由原存体内的少量条件病菌(甚至非致病菌)引起的，因敏感菌被消灭，条件致病菌大量繁殖，从而引起宿主生病。如慢性腹泻，便秘，牙周炎等。

  机体正常寄居的微生物是互相依存，互相制约的，保持着动态平衡，与人体之间表现为互生关与，但由于某种原因使机体正常菌群发生数量上的变化，改变了原来的组合，就可造成感染。