近年来，在痤疮发病机制方面取得了一定的进展。尤其是皮肤和肠道微生物群的失衡，被认为与痤疮的病理生理密切相关。在肠道中的纤维发酵过程中，肠道微生物群也可能通过产生短链脂肪酸(SCFA)来影响皮肤微生物群。SCFA可能影响皮肤对表皮葡萄球菌和痤疮丙酸杆菌的抵抗力，从而影响痤疮的形成。

  一些研究者检测了痤疮患者和健康者肠道微生物群的差异。与健康对照组相比，痤疮患者的肠道微生物群多样性明显降低；拟杆菌与厚壁菌的相对比值增高，这被认为与西方饮食有关。

  另有研究发现，在中重度痤疮患者的肠道微生物群中，变形菌数量较多，而乳酸杆菌、双歧杆菌及丁酸球菌等数量减少。乳酸杆菌和双歧杆菌是常见的益生菌物种，它们通过在肠道上部发酵未吸收的寡糖来平衡肠道微生物群，通过降低通透性和增强肠道的上皮抵抗力来增强肠道屏障。

  研究表明，多达40%的痤疮患者患有胃酸过少，胃酸不足会导致细菌从结肠迁移到小肠的远端，造成肠道生态失调和小肠细菌过度生长。

  较大的细菌种群会竞争营养物质并损害脂肪、蛋白质、碳水化合物和维生素的吸收。某些营养物质，如锌、硒和ω-3脂肪酸的缺乏已被证明与痤疮的发病相关。SIBO还会导致有毒代谢物的产生，会损伤肠道细胞，增加肠道通透性，并最终导致全身性炎症。