中国流行的沙门菌优势血清型和耐药性沙门菌的时空动态变化

  沙门菌是重要的人畜共患病病原菌，具有耐药性的沙门菌对公共卫生健康构成了严重威胁。目前，沙门菌属已发现了2600多种血清型，部分血清型具有宿主特异性。不同沙门菌血清型引起的疾病不同。伤寒沙门菌和甲、乙和丙型副伤寒沙门菌分别可以引起人类的伤寒热和副伤寒疾病而被归为伤寒沙门菌，而其他血清型被宽泛地描述为非伤寒沙门菌(Non-typhoid Salmonella，简称 NTS)。

  近日，河南农业大学动物医学院、国家动物免疫学国际联合研究中心王亚楠教授发表在National Science Review 杂志(中科院一区Top期刊，影响因子23.178)的题目为“The temporal dynamics of antimicrobial-resistant-Salmonella enterica and predominant serovars in China” 的研究论文揭示了2006年-2019年中国流行的沙门菌优势血清型及耐药性沙门菌的时空动态变化，该研究结果填补了中国流行的沙门菌优势血清型和耐药性沙门菌动态变化的数据空白，为食品安全干预措施的制定提供了重要参考依据。

  该研究基于“One Health”策略系统分析了收集自中国23个省份35000多株人源和非人源沙门菌，为沙门菌的基础研究和公共卫生风险预测提供数据支持。研究显示在中国鼠伤寒沙门菌是引起人类感染的主要血清型，其次是肠炎沙门菌和德尔卑沙门菌，这一结果与澳大利亚一致，但与北美和欧洲国家不一致。总体上来看，2006年至2019年期间，鼠伤寒沙门菌、伦敦沙门菌、里森沙门菌、科瓦利斯沙门菌、火鸡沙门菌、肯塔基沙门菌和黄金海岸沙门菌分离比例呈上升趋势;而德尔卑沙门菌、山夫登堡沙门菌、婴儿沙门菌、纽波特沙门菌、阿伯丁沙门菌、波茨坦沙门菌和病牛沙门菌分离比例呈下降趋势。

  沙门菌也是耐药基因的重要来源和储存库。因此，为了评估耐药沙门菌的时空动态情况以及人源和非人源沙门菌分离株的基因组特征，该研究对收集自全国的1962株沙门菌(130个血清型)进行全基因组测序和分析。从这些沙门菌基因组数据中共检测到118种耐药基因，在2006年至2019年期间的14年，人源和非人源的非伤寒沙门菌基因组携带的耐药基因的平均数量分别增加1.84和2.69倍。耐药沙门菌菌株分离比例呈现波浪上升趋势，尤其是β-内酰胺类、喹诺酮类、四环素类和利福平类耐药沙门菌。在不同的时间，β-内酰胺类耐药基因blaTEM-1B、blaOXA-1、blaCTX-M-14;氨基糖苷类耐药基因aac(3)-IV、aac(6')-Ib-cr、aadA1、aph(3')-Ia、aph(3'')-Ib、aph(4)-Ia、aph(6)-Id;磷霉素耐药基因fosA3;苯酚类耐药基因catB3、cmlA1、floR;利福平类耐药基因arr-3;磺胺类耐药基因sul2、sul3;四环素类耐药基因tet(B)、tet(M);呈现明显增加趋势。然而，耐药基因aac(3)-IId和catA1呈现下降趋势。

  该研究在1962个沙门菌基因组中共发现200个不同的序列型(ST)。总的来说，ST11是1962个沙门菌基因组中的最优势序列型，其次是ST34和ST19;序列型的多样性在近年来呈现增加趋势。此外，研究还发现鼠伤寒沙门菌的序列型多样性高于其他血清型，猪源ST34和鸡源ST19分别与引起儿童和成人感染的菌株有密切的相关性。

  综上所述，该研究首次揭示了我国人源和非人源沙门菌的优势血清型和抗菌素耐药性的动态变化规律。该研究结果代表了目前中国最大的沙门菌纵向被动监测数据，并绘制了有关耐药沙门菌变迁特征的基因组图谱，该研究将为中国的食品安全干预、控制和预防耐药沙门菌的发展和传播提供科学依据。

  参考文献：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10076184/

  doi: 10.1093/nsr/nwac269