猪源沙门菌中出现携带cfr多重耐药基因的质粒

  可转移多重耐药性基因cfr编码一种23S rRNA甲基转移酶，该转移酶将23S rRNA中的A2503甲基化，从而介导对酰胺醇类(phenicols)、林可霉素类(lincosamides)、截短侧耳素类(pleuromutilins)和链阳菌素A(streptogramin A)的耐药性，也介导对恶唑烷酮类(oxazolidinones)的耐药性。目前，在许多革兰氏阳性细菌中检测到了cfr基因，如肠球菌、葡萄球菌、链球菌和芽孢杆菌。此外，许多革兰氏阴性细菌，包括大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌和魔鬼弧菌，已被证实含有cfr基因。然而，没有研究表明它是否在沙门菌中遗传。最近，研究者首次报道了从养猪场分离的沙门菌中携带含cfr基因的质粒。

  2021年，从中国金华市13个养猪场的121份粪便样本中采集了15株沙门菌，其中一株为cfr阳性。采用美国临床实验室标准化委员会的微量肉汤稀释法(CLSI，2020:M100-S30)评估该菌株的药物敏感性。菌株SSJHZ21-044对八种抗生素(氨苄西林、阿莫西林-克拉维酸、庆大霉素、头孢噻呋、环丙沙星、复方新诺明、四环素和氟苯尼考)具有多重耐药性，而对头孢噻肟、美罗培南、阿米卡星、粘菌素和替加环素敏感。

  研究结果显示，该分离株属于肠道沙门菌伦敦血清型，MLST型别为ST155型。使用Illumina Novaseq 6000和Nanopore平台对菌株SSJHZ21-044进行全基因组测序。ResFinder 4.1用于预测菌株的耐性基因。菌株SSJHZ21-044含有19个耐药基因：利福平(ARR-3)、氟喹诺酮类药物(qnrB6)、氨基糖苷类药物(aac(3)-IId, aac (6′)-Ib-cr, aadA16, aac(6′)-Iaa, aph(3′)-Ib, aph(6)-Id, aadA16)、四环素(tet(A))、叶酸途径拮抗剂(sul1, sul2, dfrA27)、氯霉素(cfr, catA2, floR)、β-内酰胺(blaTEM-1B)和大环内酯类药物(mph(A))，季铵化合物(qacE)。同时，染色体突变parC_T57S赋予了菌株对喹诺酮类药物的耐药性。

  在菌株SSJHZ21-044中检测到5个复制子，包括IncFIB(K)和IncQ1，以及3个新类型。cfr基因位于未知质粒pJHZ21-cfr-35K上。pJHZ21-cfr-35K的总长度为35,187 bp，GC含量为46.57%(图1A)。pJHZ21-cfr-35K与其他大肠杆菌菌株中携带cfr基因的质粒高度相似，其中与pFSEC-01(KR779901)具有最高的相似性(88%的覆盖率和100%的同源性)。共线比较表明， pJHZ21-cfr-35K与来自大肠杆菌的pD72-IncP(CP035316)具有相同的质粒骨架，但在pJHZ21-cfr-35K中存在5,881 bp的差异。该区域由模块IS6-virD2-floR-cfr-IS6形成。进一步研究显示，该质粒介导的cfr基因可以在沙门菌和大肠杆菌种属间接合转移。

  由于cfr基因可以通过质粒在同一物种和不同物种的细菌之间传播，临床病原体的多药耐药性问题越来越受到重视。它对临床医学和食品安全构成了严重威胁。因此，加强对携带cfr基因的细菌的监测至关重要。

  参考文献：https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2023.106833