河南农业大学王亚楠教授与合作者构建目前中国最大的、开源的沙门菌基因组数据库

  食源性沙门菌感染仍然是世界范围内主要的公共卫生问题。基因组监测是追踪疫情和监测传播的关键。近日，河南农业大学动物医学院、国家动物免疫学国际联合研究中心的王亚楠教授与合作者在中科院一区Top期刊《Microbiology Spectrum》发表了题为 “Genomic analysis of almost 8,000 Salmonella genomes reveals drivers and landscape of antimicrobial resistance in China” 的研究论文。

  该研究整合实验室已测序的1962个沙门菌基因组和6035个public数据，构建了迄今为止中国规模最大、综合性、高质量、开源的中国沙门菌基因组数据库(CLSGDB v2)。研究者使用从中国22个省份收集的1962个沙门菌分离株，并添加6035个公开可用的基因组，构建了一个覆盖1905-2022年度代表中国30个省份的中国地方沙门菌基因组数据库版本2(CLSGDB v2)。基于含有164个沙门菌血清型和295个序列型的CLSGDB v2，研究人员绘制并解析了沙门菌耐药基因、毒力基因和可移动遗传元件组图谱及时空动态特征。研究结果显示，2000-2004年至2020-2022年间，沙门菌对重要抗菌药物产生耐药性的耐药基因阳性率增加，包括blaCTX-M-55(第三代头孢菌素耐药基因)、mph(A)(阿奇霉素耐药基因)、qnrS1(喹诺酮耐药基因)、ARR-2(利福平耐药基因)、floR(氯霉素耐药基因)和lnu(F)(林可酰胺耐药基因)。在7997个分离株中，鉴定出317个mcr阳性和745个阿奇霉素抗性基因阳性的沙门菌菌株。首次从基因组角度揭示了沙门菌株携带的高风险可转移耐药基因mcr-1、fosA7、fosA3、mph(A)和blaCTX-M-55在中国的地理分布，这些耐药基因导致菌株对包括粘菌素、磷霉素、阿奇霉素和第三代头孢菌素在内的关键抗菌药物产生耐药性。大多数菌株携带大量毒力基因。伤寒毒素基因cdtB在1752个基因组(占7997个基因组的21.91%)中被鉴定。此外，研究中还发现气候、社会和经济因素与沙门菌耐药性显著正相关。研究得到的中国地方沙门菌基因组数据库第二版(CLSGDBv2)存储于中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心(https://nmdc.cn/clsgdbv2)，供公开访问、获取和下载使用。最后，研究团队将构建的规模最大、综合性、高质量的中国沙门菌基因组数据库第二版(CLSGDB v2)作为一个开放访问的数据库发布，该数据库将有助于为沙门菌耐药性、食品安全和公共卫生干预措施提供信息。

  参考文献：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37787535/