益生菌难定植？它需要你的肠道来驯化

益生菌是一类在摄入一定剂量时对宿主健康产生有益效果的活性微生物。益生菌就像一群健康的“小伙伴”，帮助我们维持肠道平衡。然而，并非所有人在食用益生菌后健康情况均能得到改善，这一情况可能是由于所摄入益生菌无法在所有人的肠道定植。想象一下，益生菌就像一群小游客来到肠道这个复杂的“旅游胜地”，它们需要找到合适的地方“定居”。但研究指出，益生菌在肠道中的定植常因宿主肠道菌群的抵抗而受限。原已存在的原籍菌，就像当地居民，会对这些“外来移民”产生排斥，分泌抗菌物质，争夺生存空间。了解益生菌在肠道中定植的机制，有助于我们更好地让吃下去的益生菌更好定植、从而为健康加分。

2025年5月，海南大学张家超教授团队在国际知名期刊《Gut microbes》上发表研究成果“Gut microbiota drives structural variation of exogenous probiotics to enhance colonization”，揭示了肠道菌群通过驱动外源益生菌的结构变异增强其定植能力的机制。

研究在小鼠肠道中进行多轮Lp082驯化（Pro00 → Pro01 → Pro02 → Pro03），通过粪便分离菌株并进行全基因组测序。该研究利用纳米孔测序技术检测结构变异（SVs），并通过qPCR和宏基因组测序评估菌株定植能力及对肠道菌群的影响。该项研究基于单核苷酸变异（SNVs）将菌株分为Clade 1（突变较少）和Clade 2（突变较多）。研究通过识别Cro/C1型HTH DNA结合域的插入，分析其功能机制。同时，研究通过α/β多样性、短链脂肪酸（SCFAs）测定及网络分析评估驯化菌株对肠道菌群的扰动。

研究发现，突变较多的Clade 2菌株携带更多SNVs和SVs（如Cro/C1型HTH DNA结合域插入），在胆汁盐胁迫下表现出更强的存活能力，最终在肠道中占据主导地位。而结构变异通过替代毒素-抗毒素（TA）系统中的抗毒素，解除细菌生长限制，增强定植能力。经肠道驯化后的Lp082菌株（Lp082-M）对宿主肠道菌群扰动更小，降低了物种间资源竞争，提高了微生物网络的稳定性。而驯化菌株显著改变了短链脂肪酸（SCFAs）的代谢模式（如丁酸和己酸增加，丙酸减少）。

本研究发现，肠道菌群是益生菌成功“安家”的关键推手。它能驱动外源益生菌的结构变化，让这些“外来移民”更好地适应肠道环境，自如扎根。这为开发高效、低扰动的益生菌疗法提供了新思路。但人体肠道环境复杂多样，不同人的肠道菌群组成差异很大。而且，肠道菌群会因年龄、饮食、健康状况等因素而变化。未来需进一步验证驯化菌株在不同宿主（如人类）肠道中的普适性，并探索其在疾病干预中的具体应用。未来，研究者们可能会针对性研发出具有更强肠道定植能力的益生菌，让它们在肠道中安家落户，守护我们的健康。

原文链接：https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2025.2503371