食用菌种质资源庞大，随着分子生物学技术全面引入为揭示食用菌系统发育进化关系、种质资源开发、代谢调控机制以及育种和菌种保护等研究提供了分子基础。对于不同来源的食用菌菌株，不仅要从出菇产量与生长情况上，还应从亲缘关系上进行菌株对比试验。对于某些菌株间的性状差异不大，且从形态特征、生长特性上很难准确区分的食用菌菌株，对其优质高产菌株的选育与鉴别，不仅事关生产者和育种者的利益，也对食用菌产业的健康发展具有重要意义，因此要开发特异性分子标记为专属的优质菌株实现自主知识产权保护。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是基因组上多态性最高的遗传变异之一。插入/缺失(insertion-deletion，InDel)指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生不同大小核苷酸片段的插入或缺失(insertion/deletion)。InDel分子标记的开发一般是根据重测序分析获得的SNP和InDel的信息，筛选合适的SNP和InDel位点结合其上下游序列信息，从InDel变异位点集中选择变异位点的覆盖度与基因型质量值高的位点进行引物设计。

InDel标记准确性高、稳定性好，应用于种质资源分析与分子辅助遗传育种，群体遗传分析，图位克隆、基因定位及遗传图谱构建等。目前在食药用菌领域主要利用于种质资源遗传多样性分析及指纹图谱的构建。相信之后随着位于功能基因上InDel标记的开发，结合染色体步移和基因精细定位，可将这些标记应用于相关物种经济性状的功能基因的筛选，有利于优良基因的进一步开发和利用。