河南农大王亚楠与高福院士团队发文呼吁加强基因组监测有效应对沙门菌暴发

沙门菌作为一种重要的食源性、人兽共患病病原体，抗生素耐药性问题日益严峻，已被世界卫生组织于2017年和2024年两次列入对人类健康构成威胁的重点病原体目录。

近日，河南农业大学王亚楠与上海市疾病预防控制中心许学斌，中国科学院微生物研究所朱宝利、高福在 China CDC Weekly发表了题为“Enhanced Genomic Surveillance Is Essential for Effective Salmonella Outbreak Response”的评论文章（图1），对近期美国疾病预防控制中心和欧洲监测发表的多国沙门菌暴发疫情进行了点评与展望。

图1 论文标题及作者信息 美国沙门菌暴发病例数据：截至2025年6月26日，美国疾病预防控制中心共报告187例感染沙门菌的病例，其中1例死亡，暴发疫情涉及美国42个州，发病日期从2025年2月9日至6月23日不等（图2）。

图2 美国沙门菌暴发 美国食品药品监督管理局（FDA）和疾病控制与预防中心（CDC）近日联合宣布，因疑似沙门氏菌污染，加州希尔马（Hilmar）的奥古斯特蛋品公司（August Egg Company）正在召回超过170万箱鸡蛋，近2.07亿只鸡蛋，涉及多个品牌和包装形式。这批受污染鸡蛋已在包括加州、亚利桑那州、内华达州等九个州的沃尔玛和其他主要零售超市广泛销售，目前已造成至少79人患病，其中21人被送入医院治疗。

2025年5月，欧洲监测发表文章报道由姆班达卡沙门菌引起的欧洲多国暴发造成200多例病例。在这些病例中，芬兰报告了97例（图3）。溯源分析发现引起暴发的沙门菌菌株与即食产品中的预制冷冻鸡肉有关（图4）。

  图3 欧洲多国沙门菌暴发
图4 沙门菌溯源分析

家禽为何成沙门家庭饲养源》

家庭饲养的禽类，即便外观健康、干净，也可能携带沙门菌。这些细菌可广泛传播至禽类的生活环境，包括羽毛、粪便、笼舍、饲料和饮用水等。当人们接触禽类或其周边环境后，若未彻底清洁双手，再接触口鼻或处理食物时，沙门菌便可能进入人体引发感染。

哪些人群风险更高？

5岁以下儿童、65岁以上老人及免疫功能低下人群（如患有慢性疾病、接受免疫抑制治疗者）感染沙门菌后，更易发展为重症，需立即就医。

全基因组测序和比较基因组分析显示，这些暴发菌株分别与先前从欧洲用于预制、即食的冷冻鸡肉和美国用于运输家禽的运输箱内分离的菌株存在遗传相关性。基因组学分析表明全球姆班达卡沙门菌的耐药性呈上升趋势，已鉴定出95个可移动耐药基因，包括临床治疗的重要抗菌药物，如碳青霉烯、多黏菌素、磷霉素、阿奇霉素和第三代头孢菌素耐药。然而，在全球范围内，沙门菌（尤其是姆班达卡沙门菌）的全基因组测序数据还不够多、数据共享不是很即时、覆盖面不够广。在此，我们呼吁加强跨国范围的基因组监测和及时的数据共享，共同应对全球沙门菌暴发疫情和耐药趋势的上升。

2025年5月17日，王亚楠教授与高福院士团队在国际权威学术期刊《Nature Communications》发表了一篇题为“A global atlas and drivers of antimicrobial resistance in Salmonella during 1900-2023”的研究论文。该研究通过对来自全球六大洲148个国家/地区的20.8万个沙门菌基因组数据进行分析，揭示了百年耐药演变趋势、耐药驱动因素和耐药高风险地区，为监测与溯源全球沙门菌的多重耐药克隆演化提供高质量的资源数据集群。点击阅读：Nat Commun | 王亚楠/高福等合作发布全球沙门菌耐药图谱，揭示百年耐药驱动因素。 

2025年6月12日，河南农业大学王亚楠教授联合复旦大学附属闵行医院陈明亮教授、上海市疾病预防控制中心许学斌教授在Nature旗下期刊《Communications Medicine》发表题为“Genomic insights into antibiotic-resistant non-typhoidal Salmonella isolates from outpatients in Minhang District in Shanghai”的研究论文。该研究通过对2012至2021年收集的458株沙门菌进行耐药表型和基因组学分析，解析了闵行地区社区获得性感染沙门菌耐药和基因组特征，SNP分析提示疑似暴发事件中存在基因组关联证据，首次在暴发菌株中检测到鼠伤寒粗糙型新变体，且均携带三代头孢菌素耐药基因。点击阅读：河南农业大学王亚楠联合复旦大学附属闵行医院陈明亮等在Nature旗下Commun Med发表非伤寒沙门菌耐药与基因组学新进展。

前期，河南农业大学王亚楠教授与中国科学院微生物研究所朱宝利研究员、高福院士和上海市疾病预防控制中心许学斌教授等团队合作构建了综合性的沙门菌株库，系统揭示了我国近20 年沙门菌30种优势血清型及耐药性时空演变规律（相关研究入选高被引论文，2024年National Science Review最佳论文奖）。 

研究团队进一步构建了一个综合性、开源的中国沙门菌基因组数据库，所构建的数据库已被全球访问和使用约17万次，在绘制耐药和可移动遗传元件谱的同时，证实气候、社会和经济等因素与中国沙门菌耐药性水平的发展呈显著正相关。