误会！并不是在所有情况下，肠杆菌都是有害的！

肠杆菌科的肠道细菌是全球机会性感染的主要原因。鉴于它们在健康人类肠道微生物群中的普遍性，物种间相互作用可能在调节感染抗性方面发挥作用。这些细菌包括大肠杆菌(E.coli)等物种，在少量情况下通常是无害的，但如果其数量过多则可能导致感染和其他健康问题。

肠杆菌科的全球分布

Escherichia coli（大肠杆菌）、Klebsiella pneumoniae（肺炎克雷伯菌）和 Enterobacter hormaechei（霍尔梅肠杆菌）在全球范围内广泛存在。非洲、亚洲的样本中，E. coli 共同定殖率较高，尤其在婴儿和类风湿性关节炎患者群体中。可以通过利用机器学习分类器，研究识别出特定的肠道微生物群特征，可区分有无肠杆菌科定殖的肠道微生物群。

关于肠杆菌共定殖与共排斥模式的研究

通过鉴定发现172种共定殖物种（与肠杆菌科共存）和135种共排斥物种（可能抑制肠杆菌科的定殖）。

如何理解共定殖菌与共排斥菌

共定殖菌（如 Faecalimonas phoceensis）与肠杆菌科代谢功能相似，促进其共存。共排斥菌（如 Faecalibacterium）可能通过短链脂肪酸（SCFA）生产、铁代谢干扰、群体感应抑制等机制阻碍肠杆菌科的扩增。共排斥物种（如 Faecalibacterium）往往参与短链脂肪酸（SCFA）生产、铁代谢和群体感应（quorum sensing），这可能是限制肠杆菌科定殖的重要机制。共定殖物种（如 Faecalimonas phoceensis）表现出更高的代谢多样性，可能为肠杆菌科提供适宜的环境。研究发现，共定殖物种与肠杆菌科在代谢上更相似，意味着“栖息地过滤”（habitat filtering）可能是影响共定殖的关键因素。代谢建模表明，铁竞争和短链脂肪酸可能在抑制肠杆菌科扩增方面发挥关键作用。E. faecalis（屎肠球菌）等某些共定殖菌可通过分泌L-鸟氨酸促进E. coli生长，而 Faecalibacterium 则可能通过短链脂肪酸抑制肠杆菌科研究揭示，栖息地过滤机制决定了肠杆菌科与其他菌种的共存关系。代谢分析表明，铁竞争、SCFA代谢、氧化应激等因素可能决定肠杆菌科的定殖能力。

结论

微生物组在抑制耐药病原菌定殖中的具有一定作用，在抗生素耐药性日益严峻的情况下，可以通过那个靶向干预微生物群，例如利用特定共排斥菌种来控制肠杆菌科的扩增实现对于耐药病原菌定殖的抑制。

公共健康与临床启示

微生物群干预策略（如粪菌移植、益生菌调控）可能成为控制耐药肠杆菌的有效替代方案。

饮食和环境因素可能影响肠杆菌科的定殖，未来可探索基于饮食调整的微生态干预策略。

参考来源：

Yin, Q., da Silva, A.C., Zorrilla, F. et al. Ecological dynamics of Enterobacteriaceae in the human gut microbiome across global populations. Nat Microbiol 10, 541–553 (2025). https://doi.org/10.1038/s41564-024-01912-6.