肠道菌群是居住在肠道中的各种微生物。微生物群的建立甚至在个体出生之前就开始了，随着时间的推移而改变，并在体内持续存在，直到个体死亡。

  肠道菌群的定植、发育、成熟、稳定，老化与我们人类发育以及免疫成熟等高度吻合，不同阶段不同部位的菌群的构成以及丰度有不同特征。肠道细菌是免疫系统发育和功能的重要组成部分。肠道菌群的变化可能是许多炎症性疾病发生的重要因素。而生活方式的改变可能改变了肠道菌群的初始发育或稳定维持。

  在人体微生态系统中，肠道微生物是最庞大、最复杂的一类，其中的细菌可分为有益菌、有害菌和中性菌。在健康状况良好的情况下，有益菌占比最大，有益菌菌群对宿主发挥着重要的生理功能。

  正常情况下，肠道微生物与人体健康便处于动态平衡中。不同个体的肠道微生物组成有所不同，且易受环境因素的影响，当随着年龄的增加，加上长期饮食结构不合理、缺乏运动、精神压力大、滥用抗生素等，造成了肠道菌群失衡的状况。

  而肠道菌群平衡一旦被破坏，将引起或促进一系列疾病的发生发展，如消化系统疾病像结肠炎、顽固性便秘等，内分泌系统疾病像糖尿病、肥胖等，神经性免疫系统疾病像自闭症、阿尔兹海默症等，以及肿瘤和衰老等。

  随着肠道微生态研究的深入，逐渐发展为现代医学中的肠道菌群移植(FMT)。近年来，肠道菌群移植成为了备受关注的前沿疗法，在各类肠道免疫性疾病、感染性疾病、功能性疾病及合并帕金森病、自闭症、老年痴呆、肿瘤和代谢综合征等肠道外疾病治疗上取得了突破性进展，为肠道内和肠道外疑难疾病带来了颠覆性的治疗策略。

  肠道菌群移植技术作为重建肠道菌群的有效手段，也被认为是近年内来突破性医学进展，涉及消化系统，神经系统等多个领域，在临床应用上具有广阔的前景。