第一个生命之树是基于对核糖体RNA的比对构建的，它将所有编码核糖体的有机体分为三个域：古菌、细菌和真核生物。随后的进化分析表明这些域可能来自于一个最后的共同祖先(LUCA)，较之于现代有机体更为简单。但是，考虑到古菌和真核细胞依赖于共有串联蛋白的关系，仍会得到不同的结果。当今的分析已揭示出，这些研究中得到的拓扑概念强烈依赖于共有蛋白和物种数据的设定。基于这些观察，文章作者近期的研究支持了古菌和真核生物的姊妹关系。

  长期以来，病毒能否被编入生命之树都存在争议。对于一些作者而言，病毒并非“活着”，因此不能算入生命；而其他一些科学家则认为病毒属于生命，那些自身能够编码RNA聚合酶的病毒应当被列入生命之树中。如果着眼于病毒在细胞内的感染阶段，病毒可以被视作生命体；但是不论是否“活着”，病毒都不能被列入生命之树，因为在病毒世界没有通用的共有蛋白。

  目前，病毒暂时根据衣壳蛋白被分为不同的谱系，事实上，衣壳是病毒的主要成分，病毒粒子的产生也可被认为是病毒的标志。因此病毒的起源可以被视为病毒粒子的起源，这是基因组扩散的一种特殊方式。病毒世界中已鉴定出大量的非同源衣壳蛋白，由此界定了许多病毒谱系，表明病毒是多源性的，即不同的病毒谱系分别独立起源。与编码核糖体的有机体不同，所有病毒没有一个共同的祖先。

  古菌、细菌和真核生物都会被对应的病毒感染，一些病毒谱系会同时包括了来自这三个域的病毒，表明他们的祖先在LUCA的时代就已经出现。病毒虽不能被正式编入生命树，但从枝干到树叶都充满了病毒的身影。

  参考文献：Brown, James. (2006). Universal Tree of Life. 10.1038/npg.els.0004125.