随着测序技术的快速发展和成本降低，高通量测序（如16S rRNA基因扩增子测序、宏基因组测序等）已部分替代传统的培养方法，但其在分辨率、定量准确性、活/死细胞区分等方面的局限性常被忽视。而本文献强调，尽管分子技术具有速度快、通量高的优势，但培养方法仍是微生物检测的“金标准”，尤其在验证微生物活性和功能方面不可或缺。并且提出一种 “智能微生物检测”框架，旨在结合传统培养方法与现代测序技术的优势，以提升检测的准确性、分辨率和灵敏度。

高通量培养与测序结合，使用多种培养基和培养条件分离微生物，再通过全基因组测序（WGS）或16S rRNA测序鉴定，以覆盖传统测序无法检测的微生物多样性。比如在肉类加工厂中，结合培养和宏基因组分析发现了未培养的腐败微生物（如*Dellaglioa*属）。纳米孔测序与实时碱基识别，利用纳米孔测序的长读长优势，直接检测富集培养物中的病原体基因（如毒力基因），无需传统PCR步骤，缩短检测时间至1-2小时，能快速鉴定产志贺毒素大肠杆菌（STEC）和*Salmonella*的血清型。全基因组测序（WGS）与SNP分析，通过WGS和单核苷酸多态性（SNP）分析追踪食源性病原体的爆发来源，分辨率达20个SNP以内，显著优于传统脉冲场凝胶电泳（PFGE）。宏基因组混合组装，结合短读长（Illumina）和长读长（PacBio/Nanopore）测序数据，提升宏基因组组装基因（MAGs）的完整性和准确性，尤其适用于质粒和噬菌体的解析。

虽然无法区分活/死细胞，定量受PCR偏差影响，但是能培养提供活菌和功能验证，测序提供高分辨率分类和基因信息。适用于食品安全监测、发酵微生物追踪和腐败微生物控制。 未来可开发更高效的富集培养基和自动化培养技术，优化生物信息学工具以减少测序偏差（如GC含量影响）。

文献链接：https://doi.org/10.1016/j.tifs.2025.105113