CRISPR+纳米金:肉眼可辨的致病菌“快速检测仪”
CRISPR+纳米金:肉眼可辨的致病菌“快速检测仪”
致病菌如铜绿假单胞菌因其多重耐药性和引发严重感染的特性,对公共健康构成重大威胁,亟需快速可靠的检测方法,尤其在资源有限环境中。传统核酸检测依赖CRISPR/Cas系统的转切活性,虽催生出SHERLOCK、DETECTR等平台,但多基于荧光淬灭-恢复原理,存在操作复杂、设备昂贵、信号稳定性差等问题,限制了现场应用。比色检测因设备简单、操作便捷、结果可视化等优势,成为替代方案的优选。金纳米颗粒(AuNPs)凭借表面等离子体共振效应,在DNA功能化后可通过杂交反应产生明显颜色变化,非常适合快速现场检测。基于此,温州医科大学楼永良团队创新性构建了CRISPR/Cas12a介导的AuNPs比色生物传感器,采用“OFF to ON”信号模式:无目标时,由生物素修饰的捕获-阻断DNA复合物(cbDNA)抑制clDNA功能化的AuNPs(clDNA-AuNPs)与链霉亲和素包被的96孔板(SA-plate)结合,反应板无色;目标存在时,Cas12a部分切割cbDNA,产生左端短单链DNA片段(lDNA),这些lDNA与clDNA-AuNPs杂交,使板呈红色(图1)。
该生物传感器对铜绿假单胞菌的检测限低至1 CFU/反应,且在2小时内即可完成检测。特异性测试中,对包括鼠伤寒沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、B 组链球菌、表皮葡萄球菌、副溶血性弧菌和大肠杆菌在内的6种非目标菌株无交叉反应,仅对12株铜绿假单胞菌临床分离株产生特异性信号。而且,该传感器具备较强的抗干扰能力,在痰和血液等复杂临床样本中,加标样本与未加标样本的吸光度差异显著(p<0.05),证实其在复杂基质中的稳定性(图2)。临床验证更显示,对32份血液样本(13份阳性、19份阴性)检测的ROC曲线下面积(AUC)达1,实现完美诊断区分(图3)。
总的来说,这项基于CRISPR/Cas12a与AuNPs的比色生物传感器研究,成功融合了CRISPR系统的高特异性与金纳米颗粒的可视化优势,且其采用不同于以往“ON to OFF”模式的“OFF to ON”信号转换策略,不仅提升了检测信号的直观性,还改善了信号稳定性。这种无需复杂仪器、操作简便的检测平台,尤其适用于资源有限的现场检测场景,为感染性疾病的快速诊断和防控提供了新的技术手段,也为其他致病菌的检测提供了可借鉴的研究范式。然而,该研究也存在一定局限性。目前该生物传感器的检测流程依赖PCR进行预扩增步骤,这不仅增加了复杂性和成本,还因需要热循环仪而限制了在即时检测场景中的可及性。未来,若能整合等温扩增技术(如重组酶聚合酶扩增RPA)来替代PCR,将有望进一步提升该生物传感器的便携性和检测效率,使其在临床和现场检测等领域发挥更大的作用。
图1 CRISPR/Cas12a介导的金纳米颗粒比色检测原理示意图。(A)检测机制示意图:展示了在有无目标DNA时的信号变化过程。当存在目标DNA时,Cas12a切割cbDNA产生lDNA,lDNA与clDNA-AuNPs杂交,使SA-plate呈现红色;无目标DNA时,完整的cbDNA抑制杂交,板保持无色。(B)SEM图像:对比了阴性对照组(无目标DNA)和阳性对照组(有目标DNA)的颗粒分布,阳性组板上可见大量颗粒聚集,阴性组颗粒极少。(C)通过设计不同实验条件的对比:阴性对照、生物素覆盖的板、低浓度cbDNA(0.16 μM)及阳性对照,以确认体系的特异性:仅目标DNA存在时,会出现阳性信号,而不受生物素和cbDNA带来的空间位阻干扰,验证CRISPR/Cas12a切割cbDNA后介导clDNA-AuNPs产生信号的核心机制,确认检测方法的可靠性。
图2 铜绿假单胞菌检测的分析性能评估。(A)检测灵敏度结果:展示了不同浓度铜绿假单胞菌(从100到106 CFU/反应)的检测信号。随着细菌浓度升高,吸光度逐渐增加,即使低至100 CFU/反应的浓度,也能通过吸光度变化和可见颜色变化与无模板对照组(NTC)区分,表明该方法具有高灵敏度。(B)特异性分析结果:对比了6种非铜绿假单胞菌菌株和12株铜绿假单胞菌临床分离株的检测信号。结果显示铜绿假单胞菌临床分离株的吸光度显著高于非目标菌株,无明显交叉反应,且颜色变化清晰,证实该方法特异性良好。(C)复杂样本适用性验证:在加标临床样本(痰和血液)中测试方法性能。与未加标对照组(阴性痰样本1–3、阴性血液样本4–6)相比,加标阳性样本(阳性痰样本7–9、阳性血液样本10–12)的吸光度显著升高(p<0.05),且颜色变化明显,表明该方法在复杂临床基质中仍能有效检测目标菌,具有实际应用潜力。
图3 铜绿假单胞菌检测的临床样本验证结果图。(A)临床血液样本检测结果:对19份阴性临床血液样本和13份阳性临床血液样本的吸光度(530 nm)进行对比,阳性样本的吸光度显著高于阴性样本(T检验,p<0.05)。插图展示了对应样本的比色结果,阳性样本反应板呈红色,阴性样本呈无色,直观验证了检测信号差异。(B)样本吸光度散点图:通过散点图清晰呈现阴性组和阳性组样本的吸光度分布,两组数据无重叠,显示出明显的区分度,进一步证实检测结果的可靠性。(C)ROC曲线分析结果:该生物传感器的诊断准确性极佳,曲线下面积(AUC)为1,表明其能完美区分阳性和阴性样本,具有极高的临床诊断价值。
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