在池塘养殖水环境中，水体中的微生物分为好氧细菌、厌氧细菌、兼性好氧细菌及兼性厌氧细菌。从病原微生物的角度分析，又可分为病原微生物、非致病微生物(包括有益微生物)以及条件致病微生物。微生物无论从群体结构还是从单一个体来讲，都具有两面性，既有有益的一面，也有不利的一面。微生物在养殖水体生态系统中主要有以下作用：

  1、分解有机物质。通过自身分泌的各种酶将水体和沉积物中的饵料、养殖排泄物以及养殖生物或浮游生物等尸体进行分解，转化为各种形式的物质后进行生态系统的物质循环。

  2、在不同环境状况中(厌氧、好氧、酸性、碱性)发挥分解代谢作用。不同微生物有其自身特 有的功能，有的可以转化氮，有的可以分解有机磷，不同的有机质都可被其利用。

  3、通过自身分泌物(次生代谢产物)或者对食物的竞争，抑制有害藻类和有害致病菌。

  4、将有机物转化成可吸收利用的无机元素，被浮游植物及养殖生物吸收利用。

  5、大量繁殖的微生物会消耗水体中的氧气，使水体缺氧，底部沉积物在厌氧状态会释放有毒害的物质。

  微生物之间存在相互影响与相互制约的关系，一些微生物会影响到另一类微生物的生长，从而导致微生物群落的改变。在养殖池塘生态系统中，各种微生物处于相互制约、共生互利、生存竞争关系，使食物网和群落结构保持稳定平衡的状态中，水域生态系统中环境因子的变化也会引起微生物群落结构的变化，微生物群落结构的变化将会影响到其他生物群落结构的变化，从而导致养殖池塘生态系统中整个生物群落结构和环境因子的变化。