有时饮食结构发生短期性的变化，会对肠道微生物群落造成扰动，但它们也会快速地恢复到原来的样子。这也就是说，肠道微生物群落有很强的顽固性，并不容易被改变去形成一个新的稳定状态。到底什么是健康的微生物群落？

  微生物群落具有高度个人化的特点，很难去定义什么样的微生物群落构成才是健康的。如果对比工业化社会的健康人群与生活在乡野、保持着狩猎、采集、农耕等传统生活方式的健康人群的微生物群落构成，就会发现二者在整体上存在着较大的差异。

  传统人士的微生物群落构成更接近人类进化史上祖辈的状态。而这些微生物群落又会随着社会工业化的发展而发生适应性的改变。类似的情况，科学家在移民群体身上也观察到了：移民群体失去了一些原有的微生物种类和功能，整体的微生物群落发生了“西式化”的改变。

  因此，所谓的“健康的微生物群落”是很难脱离上下文的环境而被单独定义的。从这个角度来说，即便是科学研究记录下了当代社会健康人群的微生物群落的信息，这些信息也很有可能是已经受到各种干扰后的现状(抗生素、环境消毒、饮食工业化等)。

  在这种大前提下，笼统地说，具有更高多样性的微生物群落是相对而言更健康的状态(虽然就多样性本身而言，并不是越高越好，因为有时候过高的多样性是病理特征)。