大肠菌群最初作为肠道致病菌而被用于水质检验，现已被我国和国外许多国家广泛用做食品卫生质量检验的指示菌。 大肠菌群的食品卫生学意义是作为食品被粪便污染的指示菌，食品中粪便含量只要达到10-3mg/kg即可检出大肠菌群。作为指示菌原因有两点：其一大肠菌群来源于人或动物的肠道，并在肠道中占有极高的数量;其二大肠菌群在肠道以外的环境中，具有与肠道病原菌相同的对外界不良因素的抵抗力，能生存一定时间，生存时间与肠道致病菌大致相同或稍长。

  大肠菌群并非细菌学分类命名，而是卫生细菌领域的用语，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，这些细菌在生化及血清学方面并非完全一致，其定义为：需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胞杆菌。一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷白氏菌和阴沟肠杆菌等。

  大肠菌群作为粪便污染指标菌被提出来，主要是以该菌群的检出情况来表示食品中有否粪便污染。大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也反映了对人体健康危害性的大小。粪便是人类肠道排泄物，其中有健康人粪便，也有肠道患者或带菌者的粪便，所以粪便内除一般正常细菌外，同时也会有一些肠道致病菌存在(如沙门氏菌、志贺氏菌等)，因而食品中有粪便污染，则可以推测该食品中存在着肠道致病菌污染的可能性，潜伏着食物中毒和流行病的威胁，必须看作对人体健康具有潜在的危险性。

  针对大肠菌群测定的现行有效国家标准有：GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验 大肠菌群测定》、GB 4789.3-2016《食品安全国家标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数》大肠菌群两种检测方法;结果单位分别为：2003版—MPN/100g(mL);2016版—MPN计数：MPN/g(mL);平板计数法 CFU/g(mL)。