衣壳和基因组完整性测试对诺如病毒提取回收率的影响

2023-08-21 00:00:00
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核心提示:虽然RT-qPCR检测结果可以作为病毒污染指标,但并不一定能准确反映病毒的传染性。理想的病毒完整性检测方法应具有高灵敏度,同时尽量减少假阳性结果。

  人类诺如病毒(HuNoV)是食源性疾病的主要病原体。然而,热处理病毒可以通过RT-qPCR检测,因为热失活过程改变了衣壳的完整性,而病毒基因组保持相对不变或片段化。此外,接种于食物、水和表面的热灭活病毒的RNA在数天内还可以通过RT-qPCR检测。因此,虽然RT-qPCR检测结果可以作为病毒污染指标,但并不一定能准确反映病毒的传染性。理想的病毒完整性检测方法应具有高灵敏度,同时尽量减少假阳性结果。

  本研究评估了不同衣壳完整性处理结合RT-qPCR或长片段RT-qPCR检测的效率,以降低热灭活HuNoV和片段化RNA的回收率。当结合ISO 15216-1:2017提取方案时,所评估的三种衣壳处理(RNase、PMAxx和PtCl4)降低了生菜上热灭活的HuNoV和小鼠诺如病毒(MNV)的回收率。然而,根据RT-qPCR估计,PtCl4也减少了未经热处理的HuNoV的回收率。PMAxx和RNase处理仅对MNV有相似的效果。最有效的方法,RNase和PMAxx处理,分别将RT-qPCR估计的热失活HuNoV的回收率降低了2和3 log。长RT-qPCR检测方法也使热灭活的HuNoV和MNV的回收率分别降低了1.0和0.5 log。由于远程病毒RNA扩增可用于验证或确认RT-qPCR结果,因此它也具有降低HuNoV结果假阳性风险的优势。

  图 衣壳完整性处理对人工污染的生菜热处理诺如病毒回收率的影响:病毒热处理5分钟或不处理。(a)非热处理(4°C) HuNoV GII; (b)非热处理(4℃)MNV; (c)热处理(80℃)HuNoV GII; (d)热处理(80℃)MNV。热处理后,将病毒加入生菜进行人工污染,然后使用ISO 15216-1:2017方法进行洗脱和浓缩,并用PBS、PMAxx、PtCl4或RNase处理,然后提取和检测RNA。通过RT-qPCR(•)或长片段RT-qPCR(o)检测,相对回收率以加标接种物的百分比表示。(平均±95% CI)。采用Dunnett多重比较检验来鉴定与未经衣壳处理(PBS)的病毒的短RT-qPCR恢复(p<0.05)。

  目前的HuNoV RT-qPCR检测方案不能区分感染性病毒和非感染性病毒。通过使用病毒PMAxx、RNase或PtCl4衣壳完整性处理,可以减少热处理过程中与降解病毒或裸RNA相关的假阳性。另一方面,使用长片段RT-qPCR的基因组检测也可以作为评估HuNoV暴露于RNases时病毒完整性的代理,正如作者用人工污染的生菜所证明的那样。这些基因组和衣壳处理的效率可能因目标病毒而异。然而,这些方案改进了病毒完整性评估,可以有效地纳入食源性病毒提取和检测过程。

  参考文献:

  Raymond P, Paul S, Guy R A. Impact of Capsid and Genomic Integrity Tests on Norovirus Extraction Recovery Rates[J]. Foods, 2023, 12(4): 826.

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