揭秘发酵蔬菜：微生物与病毒共舞的奇妙世界

　　发酵蔬菜特征

　　研究首先采用平板计数和落射荧光显微镜方法，评估了发酵蔬菜中细菌、酵母和病毒的微生物组成。结果显示，大部分样品中总好氧细菌、乳酸菌和酵母的计数均较高，且病毒样颗粒的浓度与乳酸菌相近。此外，不同蔬菜类型发酵后的微生物组成和病毒样颗粒浓度无显著差异，pH值也保持稳定。

　　发酵蔬菜微生物组的组成

　　研究者通过宏基因组鸟枪法测序分析了发酵蔬菜的微生物组成，发现细菌群落主要由乳酸菌组成，同时检测到一些假单胞菌门。酵母群落中，哈兹酵母属是主要属，但不同样品间存在差异。通过测序读数的组装和分箱，重建了多个宏基因组组装基因组(Metagenome-assembled genomes，MAGs)，这些MAGs对应于多个物种，进一步证实了细菌群落的多样性。此外，还注意到某些样品的DNA数量极低，需要在测序前进行扩增，这可能对结果产生一定影响。

　　发酵蔬菜中的病毒

　　研究采用病毒宏基因组方法，对发酵蔬菜中的病毒多样性进行了全面分析。通过提取、纯化核酸并分别扩增DNA(包括单链和双链)和RNA，然后进行测序，共获得了数千个病毒操作分类单元(viral Operational Taxonomic Units，vOTUs)。这些vOTUs中，大多数属于双链DNA噬菌体，但也检测到了单链DNA病毒、RNA病毒、噬病毒体以及核胞浆大DNA病毒。与已知病毒数据库比较发现，只有20%的vOTUs与已知病毒具有序列同源性，而43%可能是新病毒。此外，不同类型的病毒在DNA或RNA扩增样品中的相对丰度有所不同。综上所述，此项研究揭示了发酵蔬菜中病毒的丰富多样性，并强调了结合DNA和RNA扩增在病毒检测中的重要性。

　　结论

　　尽管对发酵蔬菜中细菌和真菌的多样性已有相对充分的研究，但对噬菌体群落的研究仍显不足。在此项研究中，研究者收集了12份发酵后的白菜、胡萝卜和萝卜样品，并采用宏基因组学和病毒宏基因组学方法分析了其中的微生物和病毒群落。为了评估病毒多样性，研究者还利用落射荧光显微镜估算了病毒载量。病毒宏基因组学方法针对双链DNA、单链DNA和RNA病毒。发酵蔬菜的微生物群落以乳酸菌为主，且因所用原料蔬菜种类的不同而有所差异。通过对宏基因组组装基因组的分析，研究者检测到了22个噬菌体，其中8个以游离颗粒的形式存在，因此也在病毒宏基因组中被检测到。病毒群落(每克发酵蔬菜中病毒样颗粒的数量估计在5.28至7.57个对数单位之间，具体取决于样品)主要由dsDNA病毒组成，但也检测到了ssDNA和非细菌性RNA病毒，这些病毒可能来源于叶际。dsDNA病毒群落主要由噬菌体组成，且因用于发酵的蔬菜种类不同而有所差异。这些噬菌体的预测细菌宿主主要属于乳杆菌科和肠杆菌科。这些结果突显了发酵蔬菜复杂的微生物和病毒组成，且这种组成因所用三种原料蔬菜种类的不同而有所变化。需要进一步的研究来加深研究者对这些病毒对发酵蔬菜微生物生态和最终产品质量影响的理解。

　　参考文献：Cantuti Gendre J, Le Marrec C, Chaillou S, Omhover-Fougy L, Landaud S, Dugat-Bony E. Exploring viral diversity in fermented vegetables through viral metagenomics. Food Microbiol. 2025 Jun;128:104733. doi: 10.1016/j.fm.2025.104733. Epub 2025 Jan 17. PMID: 39952771.