非洲猪瘟“疫苗样”减毒株现身泰国：未免疫猪群慢性感染背后的基因组溯源

背景知识

非洲猪瘟是由非洲猪瘟病毒（ASFV）引起的一种对猪致死性极高的出血性传染病，该病毒属于Asfarviridae科，是一种复杂的双链DNA病毒。自1921年在肯尼亚首次发现以来，ASFV在非洲已鉴定出24种基因型，但仅有基因型I和基因型II传播至非洲以外地区。2018年，高致病性基因型II毒株在中国出现，并迅速席卷亚洲多国，导致急性、高死亡率的疫情。泰国于2022年首次官方报告ASFV，当时流行的毒株与中国、越南的流行株在基因上高度一致。然而，近期包括中国、越南在内的多个亚洲国家陆续报告了基因型多样性增加的现象，包括慢性感染相关的基因型I、高毒力重组株以及自然或人工减毒株的出现。在ASFV基因组中，位于左侧可变区的多基因家族（MGF 360和MGF 505）与病毒毒力及宿主免疫逃逸密切相关，这些基因的缺失通常导致病毒毒力减弱，是构建减毒活疫苗的主要策略之一。

研究方法

研究团队从泰国西部相距约500英里的两个未接种疫苗的育肥猪场采集了25份血液和器官样本，这些猪群表现出与慢性ASF相关的临床症状。样本经生物安全三级实验室处理后，使用DNeasy血液组织试剂盒提取病毒DNA，并通过针对B646L基因的实时荧光PCR进行ASFV检测。对两个猪场中Ct值最低的样本（TH1_24/RB，Ct 19.82；TH2_24/RB，Ct 21.25）进行全基因组测序，采用Illumina NovaSeq X平台生成151 bp双端测序数据。数据分析流程包括：使用FastQC进行质控，BBDuk去除接头序列，Bowtie2比对猪参考基因组（Sscrofa11.1）以去除宿主污染，SPAdes进行从头组装，BWA-MEM将reads回贴至组装基因组以确认覆盖度，BLASTn比对选择最近缘参考株，MAFFT进行多序列比对，最终在MEGA11软件中采用邻接法构建系统发育树，并进行1,000次Bootstrap重复检验。

研究结果

研究结果显示，在25份样本中，18份检出ASFV阳性，Ct值范围为19.82至33.83。两个全基因组测序样本的GC含量为38.5%，平均测序深度分别约为163×和超过96%的10×覆盖度。基因组分析显示，两个分离株均属于基因型II，但与泰国2022年首次暴发的基因型II代表株（TH1_22/CR）在遗传上存在明显差异，而与越南减毒株ASFV-GUS-Vietnam及疫苗株ASFV-G-ΔMGF聚为一支。与Georgia 2007/1参考株相比，两个泰国分离株在全基因组范围内共携带15个突变，大多位于非编码区或为同义突变；此外，在MGF 110-10-L与MGF 110-14L融合蛋白中存在一个3核苷酸插入，导致增加1个氨基酸。最关键的是，两个毒株在MGF区域均呈现6个基因缺失和β-GUS基因插入的相同模式，这一特征此前仅在实验疫苗株和越南田间减毒株中报道过。

图1 不同非洲猪瘟病毒毒株MGF基因区域缺失及β-GUS标记基因插入的基因组结构比较

结论与意义

本研究首次在泰国未接种疫苗的家猪中鉴定出具有MGF缺失和GUS插入标记的疫苗样ASFV基因型II毒株，证实该毒株与慢性感染及低死亡率相关。这一发现具有重要的公共卫生和兽医流行病学意义：一方面，它表明ASFV在亚洲的流行特征正在从急性高致死性向慢性低致死性转变，病毒可能通过自然减毒或重组产生新的适应性变异；另一方面，该毒株携带的GUS标记基因和MGF缺失模式与实验疫苗株高度一致，引发了关于非法使用减毒活疫苗或疫苗株逃逸至田间传播的担忧。由于泰国及周边国家存在跨境生猪和猪肉产品流动，此类疫苗样毒株的扩散可能对区域非洲猪瘟防控构成严重威胁。未来亟需加强全基因组监测和流行病学溯源，以明确该毒株的来源和传播途径，同时评估其对现有诊断试剂和疫苗效力的潜在影响。

参考来源：Nguyen T, Venkateswaran D, Prakash A, et al. Vaccine-Like African Swine Fever Virus Strain in Domestic Pigs, Thailand, 2024. Emerging Infectious Diseases. 2026;32(2):299-302. doi:10.3201/eid3202.251245.