液滴数字PCR与实时PCR检测小肠结肠炎耶尔森氏菌

　　耶尔森氏病是欧盟第四大最常见的人畜共患病，它是由食用被小肠结肠炎耶尔森氏菌污染的食物引起的。人类病例和被污染食品样本的数量可能被低估了，因为目前提出的小肠结肠炎耶尔森氏菌检测的传统分子方法被证明有几个局限性。 与肉类和肉制品中小肠结肠炎耶尔森氏菌检测相关的关键问题已经得到了研究，然而关于蔬菜中小肠结肠炎耶尔森氏菌检测的分子方法的数据仍然缺乏。根据ISO方法(ISO 18867:2015)，即使被证明受到某些偏差的影响，也应采用实时聚合酶链反应(RTPCR)检测结肠炎耶尔森氏菌。在过去的几年里，RTPCR已经成功地用于定性和定量检测各种样品中的目标DNA。 然而，扩增对抑制剂的敏感性可能导致阴性结果。 近年来，液滴数字PCR(DDPCR)作为一种有用的工具被引入到复杂的食品基质中，可在丰富序列的情况下检测和定量目标DNA，DDPCR是一种检测和定量复杂食品基质中不同致病菌的有效工具。

　　表1. RTPCR和DDPCR检测小肠结肠炎耶尔森氏菌

　　采用两种分子平台(RTPCR和DDPCR)对实验污染的绿叶植物中病原菌的行为进行了评价，并在不同温度下孵育11天后对病原菌的检出率进行了评估。 通过比较，两种技术方法之间出现了明显的差异：只有DDPCR允许在低水平污染时检测绿叶蔬菜中的病原体。与 RTPCR相比，DDPCR的灵敏度更高，差异归因于DDPCR对来自食物基质的抑制剂的较高耐受性。在DDPCR技术中，目标DNA分子分布在数以千计的小液滴上，这构成了一个独立的反应室，这可能导致对抑制剂的更高耐药性。尽管比RTPCR更昂贵、更耗时，目前DDPCR是检测食物样本中病原体的更可靠工具，当食物控制需要零容忍时，这一点尤其重要。

　　参考文献：[1] Cristiano, D., Peruzy, M. F., Aponte, M., Mancusi, A., Proroga, Y. T. R., Capuano, F., and Murru, N. (2021) Comparison of droplet digital PCR vs real-time PCR for Yersinia enterocolitica detection in vegetables. International Journal of Food Microbiology 354. 10932.