探索细菌素的工具——BADASS

细菌素被定义为细菌产生的不耐热的多肽，具有对分类相关物种的生物活性。这些细菌素在疾病治疗、食品保鲜、益生菌等方面有着广泛的应用。然而，尽管这些多肽具有很大的工业和生物技术应用潜力，但对它们的研究和开发仍然很少。Badass是一种软件，具有用户友好的图形界面，适用于搜索和分析全基因组测序数据中的细菌素多样性。

Badass是用Java开发的并使用Maven工具来构建和管理该项目。Badass使用统计平台R v.4通过FastQC包对原始数据进行质量评估。使用FASTX-Toolkit对读数进行修剪和质量过滤。用户可以在Badass的图形界面中调整质量过滤的参数。BLAST v.2.0.9-3和Diamond v.2.0.7.145软件分别用于对照BAGEL4和SILVA数据库的读数。BAGEL4现在大约有500个核糖体合成的和翻译后修饰的多肽(RIPP)(1类)，230个未修饰的细菌素(2类)和90个30 kDa以上的细菌素(3类)。使用RippMIner和数据库MIBiG建立BAGEL4数据库。

BAADS的主要结果是以WMS原始数据作为输入文件，以简单直观的方式描述细菌素丰富度和丰度值。该软件在图形界面中提供了一组可调参数。用户还可以选择使用默认参数处理样本。软件获得的结果包括：(1)直接在图形界面中或甚至在结果文件夹中的原始数据的质量评估框图；(2).xlsx或.csv格式的电子表格，包含关于所识别的细菌素(丰度)的信息，包括它们的频率(被识别为细菌素的读数与样本中的总读数之间的比率)和丰度(使用前面提到的公式计算)，按类别组织；(3)基于.csv文件的丰度条形图；(4)包含数据集中识别的16S rRNA序列列表的.csv文件，包括同一性百分比；(5)Trimmed.fastq和QV.fastq文件，分别包含修剪后的读数和按最小大小过滤的读数。

BADASS为用户提供了一个强大的自动化计算工具，具有简单直观的图形界面，用户可以在其中调整参数，从而在分析不同样品时具有更大的独立性。该软件与R统计平台相结合，可以生成有助于数据解释的曲线图。对于那些希望在WMS原始数据中寻找抗菌肽的人来说，Badass是一个强大的解决方案。

参考文献：Costa SS, da Silva Moia G, Silva A, Baraúna RA, de Oliveira Veras AA. BADASS: BActeriocin-Diversity ASsessment Software. BMC Bioinformatics. 2023 Jan 20;24(1):24. doi: 10.1186/s12859-022-05106-x. PMID: 36670373; PMCID: PMC9854158.