SEPPA-mAb--单克隆抗体特异性表位预测工具

在生物医学领域中，判断单克隆抗体（Monoclonal Antibody，mAb）的表位位置有助于进行抗体设计。然而，传统的mAb表位鉴定方法通常耗时耗力，且资源消耗巨大。因此，国内研究团队推出了SEPPA-mAb在线工具，具有高精度、低假阳性率的特点，专门用于预测蛋白抗原上的mAb特异性表位。相关成果发表至《Nucleic Acids Research》杂志上。

SEPPA-mAb用法：

输入：在SEPPA-mAb提供PDB ID和链名称的输入文件，以及本地PDB格式文件。

输出：提供html格式的结果总结，包括提交信息、预测的表位信息和3D可视化，以及可下载的txt格式结果。

图1：SEPPA-mAb抗原表位预测结果^[1]

SEPPA-mAb的核心优势

（1）高精度与低假阳性率

SEPPA-mAb在独立测试的193个抗原-抗体对中，实现了0.873的准确率和0.097的假阳性率，显著优于现有的对接方法和其他表位预测工具。

（2）创新模型结合

SEPPA-mAb结合了SEPPA 3.0的抗原位点预测和基于指纹的补丁模型，提供了一种全新的表位预测方法。

（3）适用性广泛

SEPPA-mAb适用于实验结构和模型结构，为抗体设计提供了强大的支持。

SEPPA-mAb工具实际应用

文章通过两个案例成功证明了SEPPA-mAb在预测mAb特异性表位方面的高效性和准确性。

（1）人类免疫缺陷病毒（Human Immunodeficiency Virus，HIV）糖蛋白研究：采用SEPPA-mAb对36个独立的HIV糖蛋白进行预测。SEPPA-mAb在这些糖蛋白上展现了0.918的高准确度，即以91.8%的准确率正确识别出mAb的表位残基。同时，SEPPA-mAb显示假阳性率仅为0.058，说明在预测过程中SEPPA-mAb将非表位残基识别为表位残基的错误率非常低。

（2）新型冠状病毒肺炎（Coronavirus Disease 2019，COVID-19）的新抗原检测：研究测试了31对全新的SARS-CoV-2刺突蛋白抗原及其对应的抗体。SEPPA-mAb在这些全新抗原上的平均准确度为0.753，以较高准确度成功识别出新病毒蛋白上的mAb特异性表位。同时，研究显示平均假阳性率为0.224，相对于HIV糖蛋白结果偏高，但仍在合理范围内。此外，研究进一步检查了SEPPA-mAb是否能够预测出正确的表位区域（即预测和晶体学表位位置之间至少有30%的残基重叠）。结果显示，SEPPA-mAb成功预测出31个表位区域中的23个，显示出在全新抗原上的出色预测能力。

应用前景

新表位发现：SEPPA-mAb有助于发现新表位，有助于疫苗和治疗性抗体的开发。

抗体设计优化：通过精确预测mAb的表位，优化抗体设计，提高其特异性和亲和力。

疾病诊断：SEPPA-mAb还可以用于开发更精确的诊断工具，通过识别关键表位来提高疾病检测的准确性。

此外，SEPPA-mAb为用户提供了便捷的用户界面和结果输出，可通过网址http://www.badd-cao.net/seppa-mab/访问。

总结

SEPPA-mAb的推出标志着表位预测技术的一个新里程碑，为抗体设计、疫苗开发和疾病治疗提供了重要的科学支持。随着实验和AI技术的发展，相信SEPPA-mAb有望进一步改进，为生物医学研究提供更深入的见解。

参考文献：

[1] Qiu T, Zhang L, Chen Z, et al. SEPPA-mAb: spatial epitope prediction of protein antigens for mAbs[J]. Nucleic Acids Research, 2023, 51(W1): W528-W534.