牡蛎中的病毒污染种类之多令人震惊

牡蛎因其味道鲜美营养价值丰富受到全球消费者的喜爱，因滤食特性导致容易富集周围海水中的病毒、细菌等污染物，牡蛎刺身的食用方式导致食品安全风险的存在。2025年4月，《Food and Environmental Virology》杂志发表了一篇题为A Metagenomic Survey of Virological Hazards in Market‑Ready Oysters的研究，利用宏基因组技术对市售牡蛎中的病毒危害进行了系统性分析，揭示了牡蛎中多种已知和潜在致病病毒的存在。

全球约48%的贝类相关胃肠炎由诺如病毒引起，通过粪、口途径传播，可引发急性胃肠炎。研究表明牡蛎净化对病毒清除效果有限：诺如病毒在净化后仍可存活2天以上，且病毒载量降低程度与初始污染水平密切相关。目前，传统基于细菌指标的监测无法有效评估病毒风险，因此需要开发高通量、非靶向的检测方法。宏基因组技术可以做到同时检测RNA和DNA病毒，无需预设靶标，尤其适用于未知或低丰度病原体的检测。

该研究采用宏基因组学技术评估了市售牡蛎的病毒污染情况。在2015-2021年病毒活跃季节，也就是每年11月至次年2月随机采集144份牡蛎样本，每份样本包含至少10只牡蛎，解剖消化腺组织后经蛋白酶K消化去除基质干扰，提取总核酸。利用NucliSENS磁珠法纯化核酸后，合成双链cDNA并构建Illumina测序文库，结合覆盖200+种脊椎动物病毒的VirCapSeq-VERT探针组进行杂交捕获富集，降低宿主和环境微生物干扰。随后在Illumina NovaSeq平台完成双端150 bp高通量测序。最后，筛选Virus-Host数据库中的人类致病病毒，并通过Bowtie2比对参考基因组，定义基因组覆盖率≥5%为阳性阈值。关键病原体（如诺如病毒、札幌病毒）的检出一致性通过数字PCR进行验证。

结果显示，宏基因组学分析共检测到15种与人类感染相关的病毒。诺如病毒检出率最高（43.8%，63/144），GII.4 Sydney[P16]（55%）和GII.17[P17]（15%）为主要基因型；札幌病毒次之（29.9%，43/144），GIII型占60%。此外，腺相关病毒（AAV-A/B）分别以42.4%和33.3%的检出率首次在牡蛎中报道，爱知病毒A型和B型检出率分别为5.6%和11.1%。圆环病毒科及类双生病毒科成员虽检出率较低（1.4%-14.6%），但其潜在致病性值得关注，尤其是与神经系统疾病的关联性。

杂交捕获技术对诺如病毒GII.4的检测灵敏度达5 copies/反应，线性范围跨越3个数量级。宏基因组学与RT-dPCR在阳性样本中的一致性为诺如病毒63.5%、札幌病毒79.1%，差异主要源于低载量样本（<10 gc/μL）的检测限。多病毒共存现象显著，30%样本同时携带2-3种病毒，如诺如病毒与爱知病毒共现，提示可能存在污水输入或加工环节交叉污染。系统发育分析显示，部分诺如病毒GII.4株与临床流行株高度同源，基因组相似性>99%，证实了病毒通过牡蛎食源性传播的风险。

图1 诺如病毒基因组拷贝和宏基因组测序结果之间相关性（引自参考文献）

尽管多数新兴病毒的致病性尚未明确，但其在免疫缺陷人群中的潜在感染风险也需要警惕。例如，腺相关病毒近期被关联儿童急性肝炎病例，而圆环病毒在脑脊液中的检出表明其可能突破肠-脑屏障。研究还发现了人乳头瘤病毒（2.1%），尽管其与宫颈癌的潜在关联性未知。但这些发现凸显了传统监测体系的不足。将宏基因组学纳入常规风险评估，以识别未知病原体威胁。加大监测力度有助于进一步推动食品安全的健康发展。

参考文献：

Dirks RAM, Sosef NP, Zwartkruis-Nahuis JTM, Thijssen MMA, Jansen CCC, Boxman ILA. A Metagenomic Survey of Virological Hazards in Market-Ready Oysters. Food Environ Virol. 2025. 10;17(1):16. doi: 10.1007/s12560-024-09630-2