还在逐个采样？现在流行 “聚合样本”，一次检出 80% 以上病毒

2026 年 2 月，巴塞罗那大学、莱里达大学等单位的 Marta Rusiñol、Sandra Martínez-Puchol、Xavier Fernández-Cassi 等学者联合在《One Health》发表了题为《Livestock aggregated samples for monitoring viruses infecting animals and potentially zoonotic viral pathogens》的研究文章。该研究通过聚合环境采样、病原体特异性 qPCR 与靶向宏基因组测序技术，对西班牙猪场、牛场及屠宰场的粪浆、粪便、空气、废水等样本进行系统分析，建立了基于非侵入式环境样本的畜禽病毒监测方案，揭示了动物病毒流行的季节与分布规律及潜在人兽共患病溢出风险，为动物疫病早期预警、全健康监测体系建设及公共卫生安全防控提供了关键科学依据。

研究背景

畜禽病原主动监测是防控动物疫病与人兽共患病溢出的关键。本研究以非侵入式聚合环境采样为手段，系统监测猪场、牛场及屠宰场的动物相关病毒，填补农业生物安全与公共卫生之间的监测空白。

研究方法

连续 11 个月采集 105 份样本，包括猪粪浆、牛粪、养殖场空气、屠宰废水；采用RT‑qPCR 对猪 / 牛重要肠道与呼吸道病毒（轮状病毒、冠状病毒、PRRSV、PEDV、HEV 等）进行定量检测；同时运用靶向宏基因组测序全面解析环境样本中的病毒群落组成；系统比较不同样本类型、季节、养殖场景下的病毒检出率、多样性与分布特征，评估聚合样本作为病毒监测 “哨兵样本” 的可行性与预警效能。

研究结果

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病毒检出呈现明显季节与样本类型差异

轮状病毒 A（RoV-A）、牛冠状病毒（BCoV）在冬季粪浆与废水中检出更高；PRRSV、PEDV、TGEV 在屠宰废水中呈散在检出。

猪粪浆 / 牛粪是检测肠道病毒（RoV-A、HEV）的最优样本；养殖场空气适合监测呼吸道病毒（BCoV）。

冷季（秋冬）病毒检出率整体高于暖季（春夏）。

图2：猪场和牛场（F1、F2、F3及F4）在不同采样季节（Wi：冬季；Sp：春季；Su：夏季；Au：秋季）中病毒指标及目标病原体的含量。

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猪源聚合样本病毒组特征

靶向测序共检出13 个科 56 种病毒，以细小病毒科、圆环病毒科、星状病毒科、小 RNA 病毒科为主。

屠宰废水单独可检出全部病毒的80%，是最佳哨兵样本。

高频率检出猪博卡病毒、圆环病毒、星状病毒，以及戊型肝炎病毒（HEV）、猪布法拉病毒（PBuV）等人兽共患病病毒。

11 种病毒仅在屠宰废水中检出，含 4 种人源病毒、1 种鼠源病毒、5 种猪特异病毒。

图4：猪A和牛B样本在不同采样季节（Wi：冬季，Sp：春季，Su：夏季，Au：秋季）中，病毒科水平的相对丰度分布。

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牛源聚合样本病毒组特征

共检出12 个科 63 种病毒，圆环病毒科占比最高（>84%）。

检出 BCoV、RoV-A、牛星状病毒、牛柯萨奇病毒等，多与肠道感染相关。

空气样本病毒多样性较低，但可检出乳头瘤病毒、多瘤病毒等持续性感染病毒。

废水贡献 44/66 种病毒，是核心监测基质。

图5：通过靶向测序在猪(A)和牛(B)汇总样本中鉴定出的病毒物种列表。

04

人兽共患病病毒监测关键发现

87% 猪粪浆样本检出至少 1 种人兽共患病毒（HEV、RoV-A）。

屠宰废水是 HEV 的重要监测窗口，反映区域猪群流行水平。

未检出 IAV、BRSV 等病毒；牛场样本未检出 HEV。

总结

非侵入式 “聚合环境样本” 监测模式

不采血、不剖检，仅用粪浆、粪便、圈舍空气、屠宰废水即可实现全场病毒监测，低生物安全风险、低成本、易规模化。

证实屠宰废水是最佳 “哨兵样本”

可捕获来自多个养殖场的病毒信号，单次采样即可覆盖 80% 以上病毒多样性，适合区域级动物疫情早期预警。

建立 “One Health” 一体化监测方案

同时监测动物病原 + 潜在人兽共患病病毒（HEV、PBuV 等），一次采样、双重预警，填补养殖端到公共卫生端的监测空白。

明确季节规律与最优采样策略

揭示秋冬为肠道 / 呼吸道病毒高发期，空气样本适合呼吸道病毒，粪便 / 粪浆适合肠道病毒，指导精准采样、提升检出率。