基于RT- RPA和CRISPR/Cas12a - LFS的诺如病毒GII.2基因型核酸检测方法的建立
基于RT- RPA和CRISPR/Cas12a - LFS的诺如病毒GII.2基因型核酸检测方法的建立
引言
诺如病毒(Norovirus)是引起急性胃肠炎暴发的主要病原体之一,尤其在封闭环境和集体场所中传播迅速。GII.2基因型作为诺如病毒中较为常见的一种,其快速准确检测对于疫情控制至关重要。近期,一项基于RT-RPA(逆转录重组酶聚合酶等温扩增)和CRISPR/Cas12a-LFS(侧流层析)技术的新型核酸检测方法被成功建立,为诺如病毒的检测提供了新的技术手段。
研究背景
传统的诺如病毒检测方法包括实时荧光RT-PCR和半巢式RT-PCR等,但这些方法在操作复杂性、检测时间和设备要求上存在局限。因此,开发一种快速、灵敏、特异且低成本的检测方法对于疫情防控具有重要意义。
研究方法与结果
研究人员通过结合RT-RPA技术和CRISPR/Cas12a-LFS技术,建立了一种新型的诺如病毒GII.2基因型核酸检测方法。RT-RPA技术利用重组酶聚合酶在等温条件下快速扩增目标核酸序列,而CRISPR/Cas12a技术则通过其特异性的核酸切割活性,结合侧流层析试纸条实现可视化检测。
该方法的检测限达到10 copies RNA/reaction,能够在35分钟内完成检测,并提供无需任何电力设备即可观察的结果,极大地方便了现场快速检测(point-of-care testing, POCT)的需求。通过对60份食品污染样品的分析,将RT-RPA-Cas12a-LFS方法与qRT-PCR方法进行比较。阳性符合率为100%,阴性符合率为95.45%,整体符合率为98.33%。

图1 RT-RPA-Cas12a-LFS检测诺如病毒GII.2的特异性分析。RT-RPA-Cas12a-LFS对不同病毒基因组样本的特异性分析采用凝胶电泳(a)和LFS (b)进行评估。在LFS中,T表示检测系,C表示质控系。
图2 RT-RPA-Cas12a-LFS检测诺如病毒GII.2的敏感性分析。采用凝胶电泳(a)和LFS (b)对RT-RPA-Cas12a-LFS对不同浓度标准RNA的敏感性分析进行评估。在LFS中,T为检测线,C为质控线。

图3 qRT-PCR检测诺如病毒GII.2的特异性和敏感性分析。对不同病毒基因组样本进行qRT-PCR的特异性分析(a),对不同浓度的标准RNA进行qRT-PCR的敏感性分析(b),并根据荧光曲线对结果进行评价。NoV -诺如病毒GII.2亚型,RV -人轮状病毒,AdV -腺病毒,AstV -星状病毒,CV -柯萨奇病毒,SaV -萨波病毒,BoV - bocavavirus, NC – ddH2O。
表1 采用RT-RPA-Cas12a-LFS和qRT-PCR方法对模拟样品进行统计分析。

技术优势
相比于传统的检测方法,这种基于RT-RPA和CRISPR/Cas12a-LFS的检测方法具有以下优势:
快速性:整个检测过程仅需35分钟,适合紧急情况下的快速筛查。
简便性:操作简便,无需专业设备,适合现场检测。
高灵敏度和特异性:能够准确检测低丰度的病毒RNA,减少假阳性和假阴性结果。
成本效益:减少了对昂贵设备和专业人员的依赖,降低了检测成本。
研究意义
这种新型检测方法的开发,不仅提高了诺如病毒检测的效率和准确性,而且为疫情防控提供了有力的技术支持。特别是在疫情暴发期间,能够快速响应并控制病毒传播,保护公共卫生安全。
结论
基于RT-RPA和CRISPR/Cas12a-LFS技术的诺如病毒GII.2基因型核酸检测方法,以其快速、简便、高灵敏度和特异性的特点,为诺如病毒的检测提供了一种新的选择。随着该技术的进一步优化和应用,预计将在疫情防控和公共卫生领域发挥更大的作用。
参考文献:
Wang T, Zeng H, Kang J, et al. Establishment of a Nucleic Acid Detection Method for Norovirus GII. 2 Genotype Based on RT-RPA and CRISPR/Cas12a-LFS[J]. Polish Journal of Microbiology, 2024, 73(2): 253-262.
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