沙门菌流行的空间因素，李斯特菌流行的时间因素

  食源性疾病的暴发仍然与源自农场的农产品污染有关。2021年与包装绿叶沙拉相关的单核增生李斯特菌暴发原因分析工作发现，全基因组测序结果显示暴发菌株与从冰山生菜收获设备中获得的单核增生李斯特菌分离株相匹配。此外，2020年纽波特沙门菌的暴发与红洋葱有关，在美国和加拿大分别造成了1127例和515例报告病例，这次事件的追溯调查中，在一个种植场附近收集的11个亚样本(10个水样本和1个沉积物样本)显示纽波特沙门菌阳性，这表明灌溉用水、邻近土地上放牧的羊、或者动物入侵可能导致洋葱被污染。

  虽然沙门菌和单核增生李斯特菌已经从各种农场来源(包括水和土壤)中检出，但潜在病原体的流行率是可变的，其分布是异质的。在美国纽约州的农产品农场，单增李斯特菌和沙门菌在所有样本类型(土壤、擦拭子、粪便和水)中的检出率分别为15.0%(88/588)和4.6%(27/588)，并且发现农场、季节和样本类型与病原体阳性样本的频率显著相关。这些研究表明，虽然食源性病原体可能存在于农产品收获前的环境中，但其流行率因样本类型、时间和空间而异。

  本研究从美国弗吉尼亚州10个农产品农场采集的土壤样本(n = 400)、擦拭子样本(n = 400)、灌溉水样本(n = 120)进行沙门菌和李斯特菌检测，以确定与病原体流行相关的因素如何在地区之间有所不同，并对空间和时间数据进行建模，以确定与各种农场来源病原体增加的可能相关的因素。

  表1 沙门菌和纽波特沙门菌的检出率与样本类型、季节和地区的关系

  擦拭子、土壤和水样中沙门菌的检出率分别为4.0%(16/400)、1.8%(7/400)和21.7%(26/120)，研究中检出的最常见血清型为纽波特沙门菌(32.6%，16/49份沙门菌阳性样本)。根据贝叶斯单变量模型，沙门菌在水样中的检出率比擦拭子和土壤样本要高得多，与擦拭子样本相比土壤样本中沙门菌的检出率明显较低。纽波特沙门菌也观察到同样的差异，水样中纽波特沙门菌的检出率约为擦拭子和土壤样本的12倍。沙门菌在弗吉尼亚东海岸检出率比在弗吉尼亚内陆的检出率要高18倍，但无法确定不同地区纽波特沙门菌的比值比，因为16株纽波特沙门菌均自弗吉尼亚东海岸。此外，与夏季相比，沙门菌在冬季的检出率也有不可忽略的下降，说明沙门菌在夏季更为流行;与夏季相比，纽波特沙门菌在秋季和冬季的检出率有不可忽略的下降。最后，沙门菌(特别是纽波特沙门菌)在静水样本(如池塘)中的检出率比流动水样本(如小溪和溪流)高。

  表2 单核增生李斯特菌(LM)和不包括单核增生李斯特菌的所有李斯特菌(LS)在不同农场、季节、样本类型和地区的检出率

  在所有样本类型中，包括单核增生李斯特菌的所有李斯特菌(L)、仅单核增生李斯特菌(LM)和不包括单核增生李斯特菌的所有李斯特菌(LS)的检出率分别为4.1%(38/920)、2.3%(21/920)和1.8%(17/920)。水样中L、LM、LS的检出率较高(L, 10.8%;LM, 7.5%;LS, 3.3%)，高于擦拭子样本(L, 5.3%;LM, 2.5%;LS, 2.8%)和土壤样本(L, 1.0%;LM, 0.5%;LS, 0.5%)。相对于流动水样本(如小溪和溪流)(3.1%;2/64)，静水样本(如池塘)中LM的检出率更高(13%;7/56)，而在流动水样本中检测到LS的频率(4.7%;3/64)高于静水样本(1.8%;1/56)。

  综合本研究结果可见无论是沙门菌还是单核增生李斯特菌，在所有贝叶斯混合模型中，水都是病原体检出的重要因素，并且沙门菌和单核增生李斯特菌的检出率因水类型(流动样本与静水样本)而异。数据显示沙门菌的检出与州内区域具有强烈的相关性，在弗吉尼亚东海岸收集的样本中检测到沙门菌的可能性大约是弗吉尼亚内陆的18倍。基于季节、样本类型和天气，L、LM和LS之间存在非常相似的关系，季节性对L、LM或LS 的阳性样本检出率影响最大，冬季的检出率为秋季的6.1至236倍。