培养法与宏基因组测序的较量：揭示金黄色葡萄球菌检测在特应性皮炎中的互补价值

金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus，SA）在儿童特应性皮炎（Atopic Dermatitis, AD）患者皮肤上的定植与其疾病严重程度和发展其他过敏性疾病的风险增加密切相关。尽管存在这种关联，但关于检测SA的最佳方法尚未达成共识，特别是缺乏研究直接比较宏基因组鸟枪法测序（Metagenomic Shotgun Sequencing, MSS）与传统培养法在检测性能及其与AD临床结局关联上的差异。

辛辛那提儿童医院医学中心（Cincinnati Children’s Hospital Medical Center）哮喘研究领域的知名专家Gurjit K. Khurana Hershey团队发表的Skin Staphylococcus aureus detection and relationship to atopic dermatitis outcomes using culture and metagenomic sequencing研究性论文旨在填补这一知识空白，探究哪种方法或方法组合能更有效地识别与AD严重程度和特应性进程（如过敏和哮喘）相关的SA定植。

该研究使用接触琼脂平板培养法和皮肤胶带MSS 对AD患者的非皮损皮肤进行采样，以检测SA，并将样本分为四种检测类别（双阴性、仅测序阳性、仅培养阳性、双阳性），进而分析其与AD严重程度（SCORAD）、致敏情况、总IgE及特应性进程结局的关联（图1）。

图1 为创建个体水平子集而选择的每位参与者一次访视的算法 

 通过上述研究方法，研究人员发现：

1、检测方法不一致性：两种检测方法显示出高度的不重叠性。在个体水平上，MSS漏检了54%的培养阳性样本，而培养法则漏检了69%的MSS阳性样本（图2, 图3），证明二者为互补关系而非替代关系。

2、 双阳性与更严重的临床表型相关：与任何单一阳性或双阴性组相比，“双阳性”组患儿的AD严重程度显著更高，患有中重度A的比例也显著更大（图4）。

3、 双阳性与更强的免疫反应相关：“双阳性”组患儿表现出更高的致敏负荷（阳性皮肤点刺试验数量）和更高的过敏性鼻炎（AR）患病率（图4，图5）。此外，尽管总IgE差异未完全显著，但“双阳性”和“仅培养阳性”组显示出可检测到肠毒素A特异性IgE的比例更高的趋势，提示培养法可能更易捕获具有生物活性的、产毒素的SA菌株。

4、种族特异性风险：在非黑人儿童中，“双阳性”与更高的儿科哮喘风险评分显著相关，表明SA双重定植可能是该人群哮喘风险的新标志（图5）。

图2不同方法的样本类别和检测率总计           图3 不同方法的个体水平子类别和检测率

图4比较不同SA检测类别下，AD的严重程度、致敏情况和免疫反应

图5 比较“双阳性”组与“双阴性/单阳性”组在特应性进程 结局上的差异

总之，该研究结果表明，联合使用培养法和MSS这两种互补的检测方法，能最有效地识别出那些SA定植临床相关性最强、AD病情更严重、且特应性进程风险更高的患儿群体。

参考文献链接：https://doi.org/10.1038/s41598-025-99463-1