Cell正刊 首次构建食品中微生物宏基因组数据库 | 食品微生物与人类肠道菌群的关联

来自特伦托大学Nicola Segata团队通过对2533种不同食物的宏基因组进行测序，建立了一个“食物微生物组”数据库——curatedFoodMetagenomicData（cFMD）。相关研究结果于2024年8月29日在线发表在Cell期刊上，论文标题为“Unexplored microbial diversity from 2,500 food metagenomes and links with the human microbiome”。在这项研究中，作者通过整合1,950个新测序和583个公开的食品宏基因组，生成了开放获取的精选食品宏基因组数据库（curated Food Metagenomic Data，cFMD）资源数据集，共获得了10,899个宏基因组组装基因组，涵盖了1,036个原核和108个真核物种级基因组箱（SGBs），包括320个之前未描述的类群。食品SGBs在食品类别内外显示了显著的微生物多样性。菌株水平分析突出了微生物从食品到肠道传递和肠道定植，以及食品和人类中具有不同基因组结构的SGBs。cFMD扩展了对食品微生物群的知识，以及其在塑造人类微生物组中的作用，并支持未来在食品质量、安全和认证中使用宏基因组学。

本研究发现，食品微生物组在成人肠道微生物组中占据了平均3%的比例，这一比例虽小，但在个体健康和疾病中可能扮演重要角色。通过菌株水平的分析，研究人员发现了食品到肠道微生物传输的潜在实例，例如乳酸菌和双歧杆菌等，这些微生物不仅在食品发酵过程中发挥作用，也可能对肠道健康产生积极影响，这些发现对于理解饮食如何影响肠道健康具有重要意义。

未来的应用前景

这项研究不仅为食品微生物组的研究提供了新的视角，还为食品质量控制、安全性评估和溯源提供了新的工具。通过深入了解食品微生物组，我们可以更好地利用这些微生物来改善食品的生产过程，同时也为个性化营养和公共卫生提供了新的研究方向。

结论

这项研究是食品微生物组学领域的一个重大突破，它不仅极大地扩展了我们对食品微生物多样性的认识，还为理解食品微生物如何影响人类健康提供了新的线索。cFMD数据库的建立为未来的研究提供了一个宝贵的资源，使得科学家能够更深入地探索食品微生物组，为食品科学、人类健康和疾病预防开辟新的道路。随着对食品微生物组的进一步研究，我们有望开发出新的食品加工技术，改进食品的质量和安全性，并为个性化饮食和健康管理提供更精准的指导。

参考文献：https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.07.039