沙门菌是一种常见的食源性病原菌，它们可以通过母乳或与奶粉交叉污染导致婴儿感染。鼠伤寒沙门菌感染是人类肠胃炎和菌血症的主要病因，可通过受污染的食物和水，以及与动物(特别是爬行动物和两栖动物)接触而感染，胃肠道疾病通常在感染后数小时或数天内发展，在此期间，鼠伤寒沙门菌与肠道炎症一起发展，并在巨噬细胞中存活和繁殖。

  在2022年发生的一次与巧克力产品有关的疫情中，来自加拿大、美国及欧洲国家的453人患病，并且患者主要是儿童。母乳库收集的母乳主要用于早产儿或生病的婴儿，作为营养治疗的一部分。因此，对潜在捐赠者进行鼠伤寒沙门菌筛查非常重要。

  本研究按照ISO 6579-1:2017标准从人乳中分离出一株沙门菌，该菌株在选择性培养基上显示出沙门菌特有的生长特征。基于全基因组测序分析显示，该菌株O抗原预测值为4，H1抗原预测值(fliC)为1，H2抗原预测值(fljB)为1,2，该菌株初步归类为鼠伤寒沙门菌4:i:1,2，并命名为鼠伤寒沙门菌4:i:1,2_69M。

  图1. 鼠伤寒沙门菌4:i:1,2_69M毒力岛上携带的基因

  毒力及耐药基因分析显示，鼠伤寒沙门菌4:i:1,2_69M含有221个与毒力因子和抗生素耐药性相关的基因，并且鉴定出11个与鼠伤寒沙门菌参考基因序列具有极高相似性(98.58% ~ 100%)的毒力岛：SPI-1、SPI-2、SPI-3、SPI-4、SPI-5、SPI-9、SPI-12、SPI-13、SPI-14、C63PI、CS54。

  表1. 鼠伤寒沙门菌4.1:12 _69m的耐药基因谱

  耐药基因分析显示，鼠伤寒沙门菌4:1:1,2_69M既有诱导耐多药外排泵AcrAB的marA，也有调控marA表达的marB操纵子抑制因子。鼠伤寒沙门菌4:1:1,2_69M也携带与氟喹诺酮类药物耐药有关的gyrB基因，但对氟喹诺酮类药物敏感。此外，鼠伤寒沙门菌4:1:1,2_69M的基因组中也检测到对四环素、氯霉素、氨苄西林、萘啶酸和利福平产生耐药性的AcrAB-TolC外排系统。

  药敏结果显示，鼠伤寒沙门菌4:1:1,2_69M对多种试验抗生素敏感：氨苄西林≤2，阿莫西林与克拉维酸≤2，头孢氨苄≤4，头孢噻吩≤2，头孢哌酮≤4，头孢噻呋≤1，亚胺培南≤0.25，新霉素≤2，氟甲喹≤1，恩诺沙星≤0.12，四环素≤1，氟苯尼考4，甲氧苄啶/磺胺甲噁唑≤20，仅对庆大霉素表现出表型耐药。

  经多序列比对和单核苷酸多态性分析单个基因发生的变化，总共检测到鼠伤寒沙门菌4:i:1,2_69M含有700个变化，其中包括53个插入和24个缺失，其中对菌株具有高影响的变化有36个。

  本研究按照ISO 6579-1:2017标准从人乳中分离出鼠伤寒沙门菌4:1:1,2_69M，全基因组测序分析显示，该菌株显示出与鼠伤寒沙门菌LT2非常接近的相似性。生物信息学序列分析共检测到11个毒力岛 (SPI-1、SPI-2、SPI-3、SPI-4、SPI-5、SPI-9、SPI-12、SPI-13、SPI-14、C63PI、CS54)。基因序列发生显著变化，导致yeiG、rfbP、fumA、yeaL、ybeU(插入)和lpfD、avrA、ratB、yacH(缺失)基因发生移码突变，其中一些蛋白质的编码序列与参考基因组编码的序列存在显著差异。本研究结果表明，菌株携带抗生素耐药基因并不直接意味着菌株存在相应的抗生素耐药表型。